Klinische Einrichtungen:

• Medizinische Universitätsklinik und Poliklinik
• Abteilung Innere Medizin I
• Abteilung Innere Medizin II
• Abteilung Innere Medizin III
• Abteilung Innere Medizin IV
• Abteilung Pneumologie
• Abteilung Rheumatologie und Klinische Immunologie
  • Klinische Forschergruppe für Rheumatologie (ab 2002)
  • SFB 620: Immundefizienz: Klinik und Tiermodelle (ab 2002)
• Abteilung für Rehabilitative und Präventive Sportmedizin
• Abteilung Klinische Chemie
• Abteilung Palliativmedizin (ab 2012)
• Chirurgische Universitätsklinik
• Abteilung Allgemein- und Viszeralchirurgie mit Poliklinik
• Sektion Transplantationschirurgie
  (bis 1997, ab 1998 s. Abteilung Allgemein- und Viszeralchirurgie mit Poliklinik)
• Abteilung Herz- und Gefäßchirurgie
  • Zentrum für Kardiovaskuläre Medizin
• Abteilung Thoraxchirurgie
• Abteilung Urologie
  • Forschungsgruppe Molekulare Gynäkologie (ab 2004)
• Abteilung für Plastische und Handchirurgie
• Department für Orthopädie und Traumatologie
• Department Orthopädie und Traumatologie
• Klinik für Sportorthopädie und Sporttraumatologie (ab 2002)
• Anaesthesiologische Universitätsklinik
• Abteilung Anaesthesiologie und Intensivtherapie
• Neurozentrum
• Abteilung Neurologie und Neurophysiologie
• Abteilung Allgemeine Neurochirurgie mit Poliklinik
  • Klinischer Bereich
  • Sektion Klinische Neuropharmakologie (ab 2004)
  • AG Experimentelle Epilepsieforschung (ab 2004)
  • AG Zelluläre Neurophysiologie (ab 2009)
  • Neuroonkologie (ab 2010)
  • Sektion Epileptologie (ab 2003)
• Abteilung Stereotaktische Neurochirurgie
• Interdisziplinäres Schmerzzentrum (ab 2008)
• Universitätsklinik für Psychiatrie und Psychosomatik
• Abteilung für Psychiatrie und Psychotherapie mit Poliklinik
• Abteilung für Psychosomatik und Psychotherapeutische Medizin
• Abteilung für Psychiatrie und Psychotherapie im Kindes- und Jugendalter
• Universitätsklinik für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde
• Abteilung für Experimentelle Zahnheilkunde
• Abteilung Poliklinik für Zahnerhaltungskunde und Paradontologie
• Abteilung Poliklinik für Zahnärztliche Prothetik
• Abteilung Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie
• Abteilung Poliklinik für Kieferorthopädie
• Orale Biotechnologie (seit 2009)
• Universitäts-Hautklinik
• Abteilung Dermatologie und Venerologie und Poliklinik
• Abteilung Experimentelle Dermatologie
• Universitätsklinik für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde und Poliklinik
• Abteilung Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde
• Universitäts-Augenklinik
• Abteilung Allgemeine Augenheilkunde mit Poliklinik
• Abteilung Neuroophthalmologie und Schielbehandlung (bis 31.12.2002)
• Radiologische Universitätsklinik
• Abteilung Röntgendiagnostik
• Abteilung für Strahlenheilkunde
• Abteilung Nuklearmedizin
• Sektion Neuroradiologie
• Zentrum für Kinderheilkunde und Jugendmedizin
• Klinik I: Allgemeine Kinderheilkunde mit Poliklinik
• Klinik II: Neuropädriatrie und Muskelerkrankungen
• Klinik (Abteilung) III: Pädiatrische Kardiologie / Angeborene Herzfehler
• Klinik IV: Pädiatrische Hämatologie und Onkologie (ab 2002)
• Universitäts-Frauenklinik
• Abteilung Gynäkologie und Geburtshilfe mit Poliklinik
• Abteilung Frauenheilkunde und Geburtshilfe II (bis 2001)

• Pathologisches Institut
• Abteilung Allgemeine Pathologie und Pathologische Anatomie
• Abteilung Neuropathologie
• Institut für Rechtsmedizin
• Abteilung Forensische Pathologie
• Institut für Medizinische Biometrie und Medizinische Informatik
• Abteilung Medizinische Biometrie und Statistik
• Abteilung Medizinische Informatik (bis 2007)
• Arbeitsgruppe Medizinische Informatik (ab 2008)
• Abteilung Qualitätsmanagement und Sozialmedizin
• Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene
• Abteilung Mikrobiologie und Hygiene
• Abteilung Virologie
• Abteilung Immunologie
• Institut für Umweltmedizin und Krankenhaushygiene
• Studienzentrum des Universitätsklinikums Freiburg
• Freiburger Institut für Musikermedizin

• Transfusionsmedizin
• Klinikumsapotheke
• Tumorzentrum Ludwig Heilmeyer Comprehensive Cancer Center Freiburg (CCCF)
• Zentrum für Geriatrie und Gerontologie Freiburg (ZGGF)
• Interdisziplinäres Schmerzzentrum (ab 2008)
• Zentrum für Chronische Immundefizienz (CCI) (ab 2008)
• Klinikrechenzentrum
• Rehabilitationswissenschaftlicher Forschungsverbund Freiburg/Bad Säckingen (ab 2005)
• Lehrbereich Allgemeinmedizin (ab 2005)