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 Forschungsbericht für das Jahr 2018

Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung (IMMZ)

Zentrum für Biochemie und Molekulare Zellforschung (ZBMZ)

Stefan-Meier-Str. 17
79104 Freiburg i. Br.
Tel: +49-761-203-9600/9601 Fax: +49-761-203-9602
Email christoph.peters@mol-med.uni-freiburg.de
http://www.mol-med.uni-freiburg.de


Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

  • Prof. Dr. Christoph Peters, Institutsleiter
  • Dr. Martin Biniossek, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Dr. h.c. Christoph Borner, Gruppenleiter
  • Dr. Dr. Melanie Börries, Gruppenleiterin
  • Dr. Tilman Brummer, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Andreas Hecht, Gruppenleiter
  • Dr. Ulrich Maurer, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Thomas Reinheckel, Gruppenleiter
  • Dr. Oliver Schilling, Gruppenleiter
  • Dr. Geoffroy Andrieux, Wissenschaftlicher Mitarbeiter
  • Dr. Ulrike Burk, Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Dr. Shuofei Cheng, Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Dr. Lars Nilse, Wissenschaftlicher Mitarbeiter
  • Dr. Priska Brauns-Schubert, Postdoc (m/w)
  • Dr. Chia-Yi Chen, Postdoc (m/w)
  • Dr. Alejandro Gomez-Aulí, Postdoc (m/w)
  • Dr. Sebastian Halbach, Postdoc (m/w)
  • Dr. Ricarda Herr, Postdoc (m/w)
  • Dr. Larissa Hillebrandt, Postdoc (m/w)
  • Dr. Andreas Jud, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • Dr. Ursula Kern, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • Dr. Ella Levit-Zerdoun, Postdoc
  • Dr. Julia Mitschke, Postdoc
  • Dr. Simon Neumann, Postdoc
  • Dr. Lukas Peintner, Postdoc (m/w)
  • Dr. Florian Schubert
  • Dr. Dilza Trevisan Silva, Postdoc (m/w)
  • Dr. Florian Weinberg, Postdoc
Einträge in der Rubrik "Who is Who"

Forschungsschwerpunkte

  • Funktion der Bcl-2 Familie und Identifikation von neuen Komponenten der Caspase-unabhängigen Zelltodwege
  • In vivo Funktionen von Proteasen
  • Massenspektrometrie
  • Modulation von Signaltransduktionsprozessen in der Embryonalentwicklung und Tumorigenese
  • Protease Degradomik
  • Signaltransduktion in Tumorentwicklung und Medikamentenresistenz
  • Signaltransduktion in Zelltod und -überleben
  • Systembiologie von zellulärer Mikroumgebung
  • Tumorinvasion und Metastasierung

Finanzierung

  • siehe: www.mol-med.uni-freiburg.de

Wissenschaftliche Publikationen

Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Aghdassi AA, John DS, Sendler M, Weiss FU, Reinheckel T, Mayerle J, Lerch MM: Cathepsin D regulates cathepsin B activation and disease severity predominantly in inflammatory cells during experimental pancreatitis. J Biol Chem, 2018; 293 (3): 1018-1029. : http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M117.814772
  • Brauns-Schubert P, Schubert F, Wissler M, Weiss M, Schlicher L, Bessler S, Safavi M, Miething C, Borner C, Brummer T, Maurer U: CDK9-mediated phosphorylation controls the interaction of TIP60 with the transcriptional machinery. Embo Rep, 2018; 19 (2): 244-256. : http://dx.doi.org/10.15252/embr.201744311
  • Chen CY, Melo E, Jakob P, Friedlein A, Elsasser B, Goettig P, Kueppers V, Delobel F, Stucki C, Dunkley T, Fauser S, Schilling O, Iacone R: N-Terminomics identifies HtrA1 cleavage of thrombospondin-1 with generation of a proangiogenic fragment in the polarized retinal pigment epithelial cell model of age-related macular degeneration. Matrix Biol, 2018. : http://dx.doi.org/10.1016/j.matbio.2018.03.013 (in Druck)
  • Foll MC, Fahrner M, Gretzmeier C, Thoma K, Biniossek ML, Kiritsi D, Meiss F, Schilling O, Nystrom A, Kern JS: Identification of tissue damage, extracellular matrix remodeling and bacterial challenge as common mechanisms associated with high-risk cutaneous squamous cell carcinomas. Matrix Biol, 2018; 66: 1-21. : http://dx.doi.org/10.1016/j.matbio.2017.11.004
  • Foll MC, Fahrner M, Oria VO, Kuhs M, Biniossek ML, Werner M, Bronsert P, Schilling O: Reproducible proteomics sample preparation for single FFPE tissue slices using Clin Proteom, 2018; 15 (online): 11-11. : http://dx.doi.org/10.1186/s12014-018-9188-y
  • Galluzzi L, Vitale I, Aaronson SA, Abrams JM, Adam D, Agostinis P, Alnemri ES, Altucci L, Amelio I, Andrews DW, Annicchiarico-Petruzzelli M, Antonov AV, Arama E, Baehrecke EH, Barlev NA, Bazan NG, Bernassola F, Bertrand MJM, Bianchi K, Blagosklonny MV, Blomgren K, Borner C, Boya P, Brenner C, Campanella M, Candi E, Carmona-Gutierrez D, Cecconi F, Chan FK, Chandel NS, Cheng EH, Chipuk JE, Cidlowski JA, Ciechanover A, Cohen GM, Conrad M, Cubillos-Ruiz JR, Czabotar PE, D'Angiolella V, Dawson TM, Dawson VL, De Laurenzi V, De Maria R, Debatin KM, DeBerardinis RJ, Deshmukh M, Di Daniele N, Di Virgilio F, Dixit VM, Dixon SJ, Duckett CS, Dynlacht BD, El-Deiry WS, Elrod JW, Fimia GM, Fulda S, Garcia-Saez AJ, Garg AD, Garrido C, Gavathiotis E, Golstein P, Gottlieb E, Green DR, Greene LA, Gronemeyer H, Gross A, Hajnoczky G, Hardwick JM, Harris IS, Hengartner MO, Hetz C, Ichijo H, Jaattela M, Joseph B, Jost PJ, Juin PP, Kaiser WJ, Karin M, Kaufmann T, Kepp O, Kimchi A, Kitsis RN, Klionsky DJ, Knight RA, Kumar S, Lee SW, Lemasters JJ, Levine B, Linkermann A, Lipton SA, Lockshin RA, Lopez-Otin C, Lowe SW, Luedde T, Lugli E, MacFarlane M, Madeo F, Malewicz M, Malorni W, Manic G, Marine JC, Martin SJ, Martinou JC, Medema JP, Mehlen P, Meier P, Melino S, Miao EA, Molkentin JD, Moll UM, Munoz-Pinedo C, Nagata S, Nunez G, Oberst A, Oren M, Overholtzer M, Pagano M, Panaretakis T, Pasparakis M, Penninger JM, Pereira DM, Pervaiz S, Peter ME, Piacentini M, Pinton P, Prehn JHM, Puthalakath H, Rabinovich GA, Rehm M, Rizzuto R, Rodrigues CMP, Rubinsztein DC, Rudel T, Ryan KM, Sayan E, Scorrano L, Shao F, Shi Y, Silke J, Simon HU, Sistigu A, Stockwell BR, Strasser A, Szabadkai G, Tait SWG, Tang D, Tavernarakis N, Thorburn A, Tsujimoto Y, Turk B, Vanden Berghe T, Vandenabeele P, Vander Heiden MG, Villunger A, Virgin HW, Vousden KH, Vucic D, Wagner EF, Walczak H, Wallach D, Wang Y, Wells JA, Wood W, Yuan J, Zakeri Z, Zhivotovsky B, Zitvogel L, Melino G, Kroemer G: Molecular mechanisms of cell death: recommendations of the Nomenclature Committee on Cell Death 2018. Cell Death Differ, 2018; 25 (3): 486-541. : http://dx.doi.org/10.1038/s41418-017-0012-4
  • Gonzalez AC, Schweizer M, Jagdmann S, Bernreuther C, Reinheckel T, Saftig P, Damme M: Unconventional Trafficking of Mammalian Phospholipase D3 to Lysosomes. Cell Rep, 2018; 22 (4): 1040-1053. : http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2017.12.100
  • Heiland DH, Gaebelein A, Borries M, Worner J, Pompe N, Franco P, Heynckes S, Bartholomae M, hAilin DO, Carro MS, Prinz M, Weber S, Mader I, Delev D, Schnell O: Microenvironment-Derived Regulation of HIF Signaling Drives Transcriptional Heterogeneity in Glioblastoma Multiforme. Mol Cancer Res, 2018; 16 (4): 655-668. : http://dx.doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-17-0680
  • Herr R, Halbach S, Heizmann M, Busch H, Boerries M, Brummer T: BRAF inhibition upregulates a variety of receptor tyrosine kinases and their downstream effector Gab2 in colorectal cancer cell lines. Oncogene, 2018; 37 (12): 1576-1593. : http://dx.doi.org/10.1038/s41388-017-0063-5
  • Hinderer M, Boerries M, Boeker M, Neumaier M, Loubal FP, Acker T, Brunner M, Prokosch HU, Christoph J: Implementing Pharmacogenomic Clinical Decision Support into German Hospitals. Stud Health Technol Inform, 2018; 247: 870-874.
  • Hohne M, Frese CK, Grahammer F, Dafinger C, Ciarimboli G, Butt L, Binz J, Hackl MJ, Rahmatollahi M, Kann M, Schneider S, Altintas MM, Schermer B, Reinheckel T, Gobel H, Reiser J, Huber TB, Kramann R, Seeger-Nukpezah T, Liebau MC, Beck BB, Benzing T, Beyer A, Rinschen MM: Single-nephron proteomes connect morphology and function in proteinuric kidney disease. Kidney Int, 2018; 93 (6): 1308-1319. : http://dx.doi.org/10.1016/j.kint.2017.12.012
  • Klett H, Balavarca Y, Toth R, Gigic B, Habermann N, Scherer D, Schrotz-King P, Ulrich A, Schirmacher P, Herpel E, Brenner H, Ulrich C, Michels KB, Busch H, Boerries M: Robust prediction of gene regulation in colorectal cancer tissues from DNA methylation profiles. Epigenetics, 2018: 0-0. : http://dx.doi.org/10.1080/15592294.2018.1460034 (in Druck)
  • Klett H, Fuellgraf H, Levit-Zerdoun E, Hussung S, Kowar S, Kusters S, Bronsert P, Werner M, Wittel U, Fritsch R, Busch H, Boerries M: Identification and Validation of a Diagnostic and Prognostic Multi-Gene Biomarker Panel for Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. Front Genet, 2018; 9 (online): 108-108. : http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00108
  • Leseva MN, Grand RJ, Klett H, Boerries M, Busch H, Binder AM, Michels KB: Differences in DNA Methylation and Functional Expression in Lactase Persistent and Non-persistent Individuals. Sci Rep-uk, 2018; 8 (1) (online): 5649-5649. : http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-23957-4
  • Mathew NR, Baumgartner F, Braun L, O'Sullivan D, Thomas S, Waterhouse M, Muller TA, Hanke K, Taromi S, Apostolova P, Illert AL, Melchinger W, Duquesne S, Schmitt-Graeff A, Osswald L, Yan KL, Weber A, Tugues S, Spath S, Pfeifer D, Follo M, Claus R, Lubbert M, Rummelt C, Bertz H, Wasch R, Haag J, Schmidts A, Schultheiss M, Bettinger D, Thimme R, Ullrich E, Tanriver Y, Vuong GL, Arnold R, Hemmati P, Wolf D, Ditschkowski M, Jilg C, Wilhelm K, Leiber C, Gerull S, Halter J, Lengerke C, Pabst T, Schroeder T, Kobbe G, Rosler W, Doostkam S, Meckel S, Stabla K, Metzelder SK, Halbach S, Brummer T, Hu Z, Dengjel J, Hackanson B, Schmid C, Holtick U, Scheid C, Spyridonidis A, Stolzel F, Ordemann R, Muller LP, Sicre-de-Fontbrune F, Ihorst G, Kuball J, Ehlert JE, Feger D, Wagner EM, Cahn JY, Schnell J, Kuchenbauer F, Bunjes D, Chakraverty R, Richardson S, Gill S, Kroger N, Ayuk F, Vago L, Ciceri F, Muller AM, Kondo T, Teshima T, Klaeger S, Kuster B, Kim DDH, Weisdorf D, van der Velden W, Dorfel D, Bethge W, Hilgendorf I, Hochhaus A, Andrieux G, Borries M, Busch H, Magenau J, Reddy P, Labopin M, Antin JH, Henden AS, Hill GR, Kennedy GA, Bar M, Sarma A, McLornan D, Mufti G, Oran B, Rezvani K, Shah O, Negrin RS, Nagler A, Prinz M, Burchert A, Neubauer A, Beelen D, Mackensen A, von Bubnoff N, Herr W, Becher B, Socie G, Caligiuri MA, Ruggiero E, Bonini C, Hacker G, Duyster J, Finke J, Pearce E, Blazar BR, Zeiser R: Erratum: Sorafenib promotes graft-versus-leukemia activity in mice and humans through IL-15 production in FLT3-ITD-mutant leukemia cells. Nat Med, 2018; 24 (4) (online): 526-526. : http://dx.doi.org/10.1038/nm0418-526c
  • Melo E, Oertle P, Trepp C, Meistermann H, Burgoyne T, Sborgi L, Cabrera AC, Chen CY, Hoflack JC, Kam-Thong T, Schmucki R, Badi L, Flint N, Ghiani ZE, Delobel F, Stucki C, Gromo G, Einhaus A, Hornsperger B, Golling S, Siebourg-Polster J, Gerber F, Bohrmann B, Futter C, Dunkley T, Hiller S, Schilling O, Enzmann V, Fauser S, Plodinec M, Iacone R: HtrA1 Mediated Intracellular Effects on Tubulin Using a Polarized RPE Disease Model. EBioMedicine, 2018; 27: 258-274. : http://dx.doi.org/10.1016/j.ebiom.2017.12.011
  • Muller AK, Foll M, Heckelmann B, Kiefer S, Werner M, Schilling O, Biniossek ML, Jilg CA, Drendel V: Proteomic Characterization of Prostate Cancer to Distinguish Nonmetastasizing and Metastasizing Primary Tumors and Lymph Node Metastases. Neoplasia, 2018; 20 (2): 140-151. : http://dx.doi.org/10.1016/j.neo.2017.10.009
  • Pastor VB, Sahoo SS, Boklan J, Schwabe GC, Saribeyoglu E, Strahm B, Lebrecht D, Voss M, Bryceson YT, Erlacher M, Ehninger G, Niewisch M, Schlegelberger B, Baumann I, Achermann JC, Shimamura A, Hochrein J, Tedgard U, Nilsson L, Hasle H, Boerries M, Busch H, Niemeyer CM, Wlodarski MW: Constitutional SAMD9L mutations cause familial myelodysplastic syndrome and transient monosomy 7. Haematologica, 2018; 103 (3): 427-437. : http://dx.doi.org/10.3324/haematol.2017.180778
  • Prestipino A, Emhardt AJ, Aumann K, O'Sullivan D, Gorantla SP, Duquesne S, Melchinger W, Braun L, Vuckovic S, Boerries M, Busch H, Halbach S, Pennisi S, Poggio T, Apostolova P, Veratti P, Hettich M, Niedermann G, Bartholoma M, Shoumariyeh K, Jutzi JS, Wehrle J, Dierks C, Becker H, Schmitt-Graeff A, Follo M, Pfeifer D, Rohr J, Fuchs S, Ehl S, Hartl FA, Minguet S, Miething C, Heidel FH, Kroger N, Triviai I, Brummer T, Finke J, Illert AL, Ruggiero E, Bonini C, Duyster J, Pahl HL, Lane SW, Hill GR, Blazar BR, von Bubnoff N, Pearce EL, Zeiser R: Oncogenic JAK2(V617F) causes PD-L1 expression, mediating immune escape in myeloproliferative neoplasms. Sci Transl Med, 2018; 10 (429) (online). : http://dx.doi.org/10.1126/scitranslmed.aam7729
  • Rinschen MM, Godel M, Grahammer F, Zschiedrich S, Helmstadter M, Kretz O, Zarei M, Braun DA, Dittrich S, Pahmeyer C, Schroder P, Teetzen C, Gee H, Daouk G, Pohl M, Kuhn E, Schermer B, Kuttner V, Boerries M, Busch H, Schiffer M, Bergmann C, Kruger M, Hildebrandt F, Dengjel J, Benzing T, Huber TB: A Multi-layered Quantitative In Vivo Expression Atlas of the Podocyte Unravels Kidney Disease Candidate Genes. Cell Rep, 2018; 23 (8): 2495-2508. : http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2018.04.059
  • Schilling O, Biniossek ML, Mayer B, Elsasser B, Brandstetter H, Goettig P, Stenman UH, Koistinen H: Specificity profiling of human trypsin-isoenzymes. Biol Chem, 2018. : http://dx.doi.org/10.1515/hsz-2018-0107 (in Druck)
  • Schmidt N, Haydn T, Schneider I, Busch H, Boerries M, Fulda S: Smac mimetic induces an early wave of gene expression via NF-kappaB and AP-1 and a second wave via TNFR1 signaling. Cancer Lett, 2018; 421: 170-185. : http://dx.doi.org/10.1016/j.canlet.2018.01.082
  • Schorch B, Heni H, Zahaf NI, Brummer T, Mione M, Schmidt G, Papatheodorou P, Aktories K: Targeting oncogenic Ras by the Clostridium perfringens toxin TpeL. Oncotarget, 2018; 9 (23): 16489-16500. : http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.24740
  • Schubert F, Rapp J, Brauns-Schubert P, Schlicher L, Stock K, Wissler M, Weiss M, Charvet C, Borner C, Maurer U: Requirement of GSK-3 for PUMA induction upon loss of pro-survival PI3K signaling. Cell Death Dis, 2018; 9 (5): 470-470. : http://dx.doi.org/10.1038/s41419-018-0502-4
  • Seidl M, Bader M, Vaihinger A, Wellner UF, Todorova R, Herde B, Schrenk K, Maurer J, Schilling O, Erbes T, Fisch P, Pfeiffer J, Hoffmann L, Franke K, Werner M, Bronsert P: Morphology of Immunomodulation in Breast Cancer Tumor Draining Lymph Nodes Depends on Stage and Intrinsic Subtype. Sci Rep-uk, 2018; 8 (1): 5321-5321. : http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-23629-3
  • Thriene K, Gruning BA, Bornert O, Erxleben A, Leppert J, Athanasiou I, Weber E, Kiritsi D, Nystrom A, Reinheckel T, Backofen R, Has C, Bruckner-Tuderman L, Dengjel J: Combinatorial Omics Analysis Reveals Perturbed Lysosomal Homeostasis in Collagen VII-deficient Keratinocytes. Mol Cell Proteomics, 2018; 17 (4): 565-579. : http://dx.doi.org/10.1074/mcp.RA117.000437
Reviews/Übersichtsartikel in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:

Besondere wissenschaftliche Aktivitäten

Abschlussarbeiten