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Forschungsbericht]

MONOGRAM - Multimodale Einzelzellanalyse regulatorischer Netzwerke der AML im zeitlichen Verlauf

Projektbeschreibung:
Im Prinzip kann durch Kombination verschiedener Analyseverfahren bereits heute ein detailliertes Omik-Profil einzelner Zellen erstellt werden. Die außergewöhnliche Sensitivität der Emulsion Coupling (EC)-Technologie konnte bereits für den Nachweis eines neuartigen Influenzavirus-Rezeptors (Nature; doi:10.1007/s12253-016-0094-1) herangezogen werden. EC-Assays werden aufgrund ihrer hohen Sensitivität, inhärenten Parallelität und ihres homogenen Designs (Mix & Read) zu einem idealen Werkzeug für eine hochaufgelöste Einzelzellanalyse. Das MONOGRAM-Projekt schlägt ein neues Assay-Paradigma vor, das die robuste digitale EC-Assay-Technologie mit hohem Dynamikbereich, Single-Cell-Printing (SCP), Next-Generation-Sequencing (NGS) und innovative bioinformatische Werkzeuge zu einer digitalen Multi-Omik-Analyse einzelner Zellen kombiniert. Hierfür werden Einzelzellen aus Patientenproben der akuten myeloischen Leukämie (AML) mit Hilfe der SCP-Technologie isoliert, gleichzeitig DNA, RNA, Protein und Protein-Protein-Interaktionen mittels EC nachgewiesen, über NGS ausgelesen und mittels neuartiger Bioinformatik analysiert. In Kombination verfügen die EC-, SCP- und NGS-Technologie über transformatives Potenzial im Bereich der personalisierten Einzelzelldiagnostik. Dieses Potenzial wird durch die Entwicklung einer Phänotypisierungsmethode auf Basis einzelner Zellen für AML demonstriert werden, die darauf abzielt, die auftretenden nichtgenetischen, adaptiven Resistenzen bei AML-Patienten zu erklären, die epigenetische Therapien erfahren.

Weitere Informationen: http://www.imtek.de/professuren/anwendungsentwicklung/projekte/projekte?projectId=11486
Ansprechpartner: Dr. Csaba Jeney
Tel: +49 761 203-54020
Email: Csaba.Jeney@imtek.uni-freiburg.de, Stefan.Zimmermann@imtek.uni-freiburg.de
Projektlaufzeit:
Projektbeginn: 01.05.2020
Projektende: 30.04.2023
Projektleitung:
Dr. Csaba Jeney, Dr. Stefan Zimmermann, (Prof. Dr. R. Zengerle)
Stellvertretung: Dr. Stefan Zimmermann (+49 761 203-73283 )
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg

Kooperationspartner
PD Dr. Heiko Becker, Universitätsklinikum Freiburg, Innere Medizin I - Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation / PD Dr. Heiko Becker, Department of Medicine I, Medical Center - University of Freiburg
Finanzierung:

  • Baden-Württemberg Stiftung gGmbH

Schlagworte:

    Einzelzellanalyse, Akute Myeloische Leukämie (AML), Emulsion Coupling, Genom, Proteom, Transkriptom, Interaktom, single-cell analysis, emulsion coupling, genome, transcriptome, proteome, protein-protein interaction, acute myeloid leukemia (AML)

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