BWST_NCRNA_008 Determinanten der Interaktion nicht-kodierender RNAs mit regulatorischen Zielmolekülen

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Determinanten der Interaktion nicht-kodierender RNAs mit regulatorischen Zielmolekülen Tausende verschiedener nicht-kodierender RNAs wurden in Modellorganismen aller großen phylogenetischen Taxa identifiziert. Wirkmechanismen und exakte Funktionen sind häufig jedoch nicht bekannt, obwohl die Charakterisierung ausgewählter Moleküle die regulatorische Funktion nicht-kodierender RNAs klar etablieren konnte. Hier möchten wir grundlegende Parameter der Interaktion nicht-kodierender RNAs mit ihren Zielmolekülen untersuchen. In einem interdisziplinären Ansatz, der informatische Methoden mit experimentellen Analysen kombiniert, werden wir eine globale Methodik entwickeln, um die Kinetik von RNA Sense:Antisense Interaktionen zu modellieren. Solche Interaktionen beruhen zum Teil auf direkten RNA:RNA Wechselwirkungen, ein anderer Teil ist unter der Kontrolle von Proteinfaktoren, hier werden wir den Effekt von RNA-Helikasen untersuchen. Die Modellierungsergebnisse werden durch die experimentelle Untersuchung von Sense- Antisense Interaktionen in einem in vitro Fluoreszenzassay systematisch getestet. Die Analyse des CrhR RNA Helikase-gebundenen Transkriptoms in Synechocystis 6803 erfolgt durch Immunpräzipitation des CrhR Proteins und anschließender Hochdurchsatz- Sequenzanalyse. Für die exakte Bestimmung von RNA-Helikase-Bindemotiven werden wir eine UV-Quervernetzungs-Technik einsetzen. Im Ergebnis erwarten wir eine erheblich verbesserte Genom-weite Vorhersage des Interaktoms nicht-kodierender RNAs mit ihren Zielmolekülen. Die Resultate sind von grundlegendem Interesse u.a. für das Verständnis der Steuerung der Genexpression, der Zelldifferenzierung und Stress-Adaptation.

Additional information: http://www.bioinf.uni-freiburg.de
Phone: +49 (0)761 203 7461
Email: backofen@informatik.uni-freiburg.de
Runtime:
Start of project: 01.09.2015
End of project: 31.08.2018
Project Management:
Albert-Ludwigs-University Freiburg
Prof. Dr. Rolf Backofen
Bioinformatik
Prof. Dr. Rolf Backofen
Georges-Köhler-Allee 106
79110 Freiburg
Germany

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Actual Research Report
Financing:
  • Baden-Württemberg Stiftung gGmbH