DFG-Projekt: MiRNA and RNA-binding proteins as integral part of cell communication: context-based target prediction and validation

Description of the project:
- no english description available -

Die regulierende Wirkung von miRNAs wird maßgeblich durch die Anwesenheit anderer miR- NAs und RNA-bindender Proteine beeinflusst. Quantitative Methoden zur Vorhersage der genauen Beziehungen zwischen miRNAs und RBPs nutzen jedoch typischerweise nur die Informationen in der Nähe der Zielregionen und weisen daher erhebliche Mängel auf. Aus diesen Gründen entwickeln wir Techniken, die 1. zum einen experimentelle Daten in Zusammenarbeit mit iterative rechnerischen Verfahren zur Verbesserung der amiRNA vermittelte ZielRNA-Spaltung und mRNA-RNA Bindeprotein Interaktion liefern, 2. in kohärenter Weise die verschiedenen experimentellen Daten wie mRNA, miRNA-mRNA oder RBP-mRNA-Wechselwirkungen integrieren und 3. mit einer "globalen" Perspektive die verschiedenen mRNA-Molekül Interaktionen betrachten. Auf diese Weise wird es möglich einen Einblick in die korrelierten Wirkung verschiedener Regulationsmechanismen (RBPs, miRNAs) auf die Genexpression zu erhalten und grundlegende Einsichten in das Design der Informationskodierung RNA-Moleküle zu gewinnen.

contact person: Prof. Dr. Rolf Backofen
Phone: +49 (0)761 203 7461
Email: backofen@informatik.uni-freiburg.de
Runtime:
Start of project: 2015
End of project: 2017
Project Management:
Albert-Ludwigs-University Freiburg
Prof. Dr. Rolf Backofen

Actual Research Report
Financing:
  • SPP 1395, DFG