DFG-Projekt: MiRNA and RNA-binding proteins as integral part of cell communication: context-based target prediction and validation

Projektbeschreibung:
Die regulierende Wirkung von miRNAs wird maßgeblich durch die Anwesenheit anderer miR- NAs und RNA-bindender Proteine beeinflusst. Quantitative Methoden zur Vorhersage der genauen Beziehungen zwischen miRNAs und RBPs nutzen jedoch typischerweise nur die Informationen in der Nähe der Zielregionen und weisen daher erhebliche Mängel auf. Aus diesen Gründen entwickeln wir Techniken, die 1. zum einen experimentelle Daten in Zusammenarbeit mit iterative rechnerischen Verfahren zur Verbesserung der amiRNA vermittelte ZielRNA-Spaltung und mRNA-RNA Bindeprotein Interaktion liefern, 2. in kohärenter Weise die verschiedenen experimentellen Daten wie mRNA, miRNA-mRNA oder RBP-mRNA-Wechselwirkungen integrieren und 3. mit einer "globalen" Perspektive die verschiedenen mRNA-Molekül Interaktionen betrachten. Auf diese Weise wird es möglich einen Einblick in die korrelierten Wirkung verschiedener Regulationsmechanismen (RBPs, miRNAs) auf die Genexpression zu erhalten und grundlegende Einsichten in das Design der Informationskodierung RNA-Moleküle zu gewinnen.

Ansprechpartner: Prof. Dr. Rolf Backofen
Tel: +49 (0)761 203 7461
Email: backofen@informatik.uni-freiburg.de
Projektlaufzeit:
Projektbeginn: 2015
Projektende: 2017
Projektleitung:
Prof. Dr. Rolf Backofen

Albert-Ludwigs-Universität Freiburg

Kooperationspartner
Prof. Dr. Klaus Palme Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Institut für Biologie II / Botanik Prof. Dr. Fabian Theis Helmholtz Zentrum München, Institut für Bioinformatik und Systembiologie
Finanzierung:

  • SPP 1395, DFG

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