BMBF Verbundprojekt Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur de.NBI – Partner – de.NBI-epiProjektbeschreibung:Die Aufgabe des de.NBI-epi Projektes ist die Integration, Weiterentwicklung und Wartung von deepTools, einer Software-Bibliothek für die Analyse und Visualisierung von NGS-Daten mit einem besonderen Schwerpunkt auf epigenetische Modifikationen, sowie einer speziellen Tool-Bibliothek (HiCExplorer) für die Analyse von HiC-Sequenzierungs-Daten. Durch eine Integration der deepTools und HiCExplorer in Galaxy werden einer breiten Anwenderschicht mehrere Tools für die Analyse von epigentischen NGS-Daten zur Verfügung gestellt. Es wird dadurch möglich, ein breites Spektrum von experimentellen HTS-Daten auf wichtige epigenetische Veränderungen hin zu analysieren. DeepTools erlauben die Analyse von Expressionsdaten (RNA-seq) sowie von Daten zu Protein-DNA-Wechselwirkungen und epigenetischen Markierungen (ChIP-seq). Ausgehend von bismark, ein Mapper für Bisulfit-Sequenzierung, bieten wir eine Reihe von Tools an, die methylierte Basen detektieren sowie differentiell methylierte Regionen bestimmen und darstellen können. Darüber hinaus bietet die Bibliothek eine Sammlung von Hilfswerkzeugen für die Analyse dieser Art von epigenetischen Daten. Einer der wesentlichen Vorteile der Integration in Galaxy ist, dass einzelne Module ausgetauscht sowie Zwischenergebnisse mit vielen anderen Werkzeugen analysiert werden könnenProjektlaufzeit: Projektbeginn: 01.11.2016Projektleitung: Prof. Dr. Rolf BackofenSchlagworte:
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