DFG Graduiertenkolleg „MeInBio – BioInMe: Exploration of spatio-temporal dynamics of gene regulation using high-throughput and high-resolution methods
Description of the project:
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12 Wissenschaftler aus unterschiedlichen Fakultäten und Forschungseinrichtungen wollen mit dem MeInBio GRK ein strukturiertes Doktorandenprogramm etablieren, um die Kontrolle der Genexpression mit hoher zeitlicher und räumlicher Auflösung aufzuklären. Das MeInBio Konsortium adressiert offene fundamentale Fragen der Transkriptionskontrolle in entwicklungsbiologischen Übergangszuständen, in pathologischen oder adaptiven Prozessen. Zu den ungelösten Fragen gehören wie sich Einzelzellen an spezifische Differenzierungsstadien anpassen und ob sich das Transkriptionsprogramm von Einzelzellen von den augenscheinlich gleichförmigen Programmen unterscheidet, die durch die Untersuchung von Zellpopulationen entziffert wurden. Ein weiteres ungelöstes Problem ist, wie sich spezifische extrazelluläre Signale und posttranslationale Modifikationen von Transkriptionsfaktoren auf deren temporäre Präsenz an der DNA auswirken oder wie diese die Chromatinstruktur verändern. Zur Aufklärung dieser Fragen wird das GRK Hochdurchsatzsequenzierungen und hochauflösende Technologien einsetzen, und dabei etablierte Methoden an kleine Zellzahlen bis hin zu Einzelzellen anpassen. Um hochaufgelöste DNA- und Chromatinbindungsprofile darzustellen, wird das GRK darüber hinaus bioinformatische Algorithmen zur effizienten Datenanalyse verbessern. Gegenwärtig ist die professionelle bioinformatische Datenanalyse in Deutschland unzureichend mit der modernen experimentellen Analyse verknüpft. Das MeInBio GRK wird DoktorandInnen interdisziplinär sowohl im Experimentallabor als auch bioinformatisch ausbilden. Zur Verbesserung der Qualifikation junger WissenschaflterInnen in zwei oftmals getrennt operierenden Gebieten ist die Bildung interdisziplinärer Forschungstandems ein herausragendes Merkmal des Qualifizierungskonzepts. Die molekularbiologisch arbeitenden DoktorandInnen erreichen ein besseres Verständnis bioinformatischer Grundlagen mittels direkter Ausbildung durch Bioinformatiker. Bioinformatik-DoktorandInnen haben im Gegenzug die Möglichkeit, molekulare Methoden kennenzulernen, die zur Generierung großer Datensätze führen. Das strukturierte Ausbildungsprogramm bereitet DoktorandInnen daher optimal auf einen wachsenden Arbeitsmarkt vor, der nach übergreifender Expertise in Experimentalmethoden und Bioinformatik verlangt
contact person: Prof. Dr. Rolf Backofen
Phone: +49 (0)761 203 7461
Email: backofen@informatik.uni-freiburg.de
Runtime:
Start of project: 01.09.2017
End of project: 28.02.2022
Project Management:
Albert-Ludwigs-University Freiburg
Prof. Dr. Rolf Backofen
Bioinformatik
Prof. Dr. Rolf Backofen
Georges-Köhler-Allee 106
79110 Freiburg
Germany
Phone: +49 (0) 761-203-7461
Fax: +49 (0) 761-203-7462
Email: backofen@informatik.uni-freiburg.de
http://www.bioinf.uni-freiburg.de
Actual Research Report
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Keywords:
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