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 Forschungsbericht für das Jahr 2019

Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung (IMMZ)

Zentrum für Biochemie und Molekulare Zellforschung (ZBMZ)

Stefan-Meier-Str. 17
79104 Freiburg i. Br.
Tel: +49-761-203-9600/9601 Fax: +49-761-203-9602
Email christoph.peters@mol-med.uni-freiburg.de
http://www.mol-med.uni-freiburg.de


Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

  • Prof. Dr. Christoph Peters, Institutsleiter
  • Dr. Martin Biniossek, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Dr. h.c. Christoph Borner, Gruppenleiter
  • Dr. Dr. Melanie Börries, Gruppenleiterin
  • Prof. Dr. Tilman Brummer, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Andreas Hecht, Gruppenleiter
  • PD Dr. Ulrich Maurer, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Thomas Reinheckel, Gruppenleiter
  • Prof. Dr. Oliver Schilling, Gruppenleiter
  • Dr. Geoffroy Andrieux, Wissenschaftlicher Mitarbeiter
  • Dr. Shuofei Cheng, Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Dr. Lars Nilse, Wissenschaftlicher Mitarbeiter
  • Dr. Elham Bavafaye Haghighi, Postdoc (m/w)
  • Dr. Ulrike Burk, Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Dr. Chia-Yi Chen, Postdoc (m/w)
  • Dr. Sebastian Halbach, Postdoc (m/w)
  • Dr. Ricarda Herr, Postdoc (m/w)
  • Dr. Ursula Kern, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • Dr. Ella Levit-Zerdoun, Postdoc
  • Dr. Julia Mitschke, Postdoc
  • Dr. Simon Neumann, Postdoc
  • Dr. Lukas Peintner, Postdoc (m/w)
  • Dr. Senthilkumar Ramamoorthy, Postdoc (m/w)
  • Dr. Sylvia Hertel, Projekt Managerin
Einträge in der Rubrik "Who is Who"

Forschungsschwerpunkte

  • Funktion der Bcl-2 Familie und Identifikation von neuen Komponenten der Caspase-unabhängigen Zelltodwege
  • In vivo Funktionen von Proteasen
  • Massenspektrometrie
  • Modulation von Signaltransduktionsprozessen in der Embryonalentwicklung und Tumorigenese
  • Protease Degradomik
  • Signaltransduktion in Tumorentwicklung und Medikamentenresistenz
  • Signaltransduktion in Zelltod und -überleben
  • Systembiologie und Systemmedizin
  • Tumorinvasion und Metastasierung

Finanzierung

  • siehe: www.mol-med.uni-freiburg.de

Wissenschaftliche Publikationen

Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Beneker CM, Rovoli M, Kontopidis G, Roring M, Galda S, Braun S, Brummer T, McInnes C: Design and Synthesis of Type-IV Inhibitors of BRAF Kinase That Block Dimerization and Overcome Paradoxical MEK/ERK Activation. J Med Chem, 2019; 62 (8): 3886-3897. : http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.8b01288
  • Beyes S, Andrieux G, Schrempp M, Aicher D, Wenzel J, Anton-Garcia P, Boerries M, Hecht A: Genome-wide mapping of DNA-binding sites identifies stemness-related genes as directly repressed targets of SNAIL1 in colorectal cancer cells. Oncogene, 2019; 38 (40): 6647-6661. : http://dx.doi.org/10.1038/s41388-019-0905-4
  • Buhl JL, Selt F, Hielscher T, Guiho R, Ecker J, Sahm F, Ridinger J, Riehl D, Usta D, Ismer B, Sommerkamp AC, Martinez-Barbera JP, Wefers AK, Remke M, Picard D, Pusch S, Gronych J, Oehme I, van Tilburg CM, Kool M, Kuhn D, Capper D, von Deimling A, Schuhmann MU, Herold-Mende C, Korshunov A, Brummer T, Pfister SM, Jones DTW, Witt O, Milde T: The Senescence-associated Secretory Phenotype Mediates Oncogene-induced Senescence in Pediatric Pilocytic Astrocytoma. Clin Cancer Res, 2019; 25 (6): 1851-1866. : http://dx.doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-18-1965
  • Capponi S, Stoffler N, Irimia M, Van Schaik FMA, Ondik MM, Biniossek ML, Lehmann L, Mitschke J, Vermunt MW, Creyghton MP, Graybiel AM, Reinheckel T, Schilling O, Blencowe BJ, Crittenden JR, Timmers HTM: Neuronal-specific microexon splicing of TAF1 mRNA is directly regulated by SRRM4/nSR100. Rna Biol, 2019: 1-13. : http://dx.doi.org/10.1080/15476286.2019.1667214 (in Druck)
  • Fernandez Lopez M, Nguyen AD, Velazquez Escobar F, Gonzalez R, Michael N, Nogacz Z, Piwowarski P, Bartl F, Siebert F, Heise I, Scheerer P, Gartner W, Mroginski MA, Hildebrandt P: Role of the Propionic Side Chains for the Photoconversion of Bacterial Phytochromes. Biochemistry-us, 2019; 58 (33): 3504-3519. : http://dx.doi.org/10.1021/acs.biochem.9b00526
  • Freihen V, Ronsch K, Mastroianni J, Frey P, Rose K, Boerries M, Zeiser R, Busch H, Hecht A: SNAIL1 employs beta-Catenin-LEF1 complexes to control colorectal cancer cell invasion and proliferation. Int J Cancer, 2019. : http://dx.doi.org/10.1002/ijc.32644 (in Druck)
  • Griewahn L, Koser A, Maurer U: Keeping Cell Death in Check: Ubiquitylation-Dependent Control of TNFR1 and TLR Signaling. Front Cell Dev Biol, 2019; 7: 117-117. : http://dx.doi.org/10.3389/fcell.2019.00117
  • Hillebrand LE, Wickberg SM, Gomez-Auli A, Follo M, Maurer J, Busch H, Boerries M, Reinheckel T: MMP14 empowers tumor-initiating breast cancer cells under hypoxic nutrient-depleted conditions. Faseb J, 2019; 33 (3): 4124-4140. : http://dx.doi.org/10.1096/fj.201801127R
  • Kohler M, Ehrenfeld S, Halbach S, Lauinger M, Burk U, Reischmann N, Cheng S, Spohr C, Uhl FM, Kohler N, Ringwald K, Braun S, Peters C, Zeiser R, Reinheckel T, Brummer T: B-Raf deficiency impairs tumor initiation and progression in a murine breast cancer model. Oncogene, 2019. : http://dx.doi.org/10.1038/s41388-018-0663-8 (in Druck)
  • Larionov A, Dahlke E, Kunke M, Zanon Rodriguez L, Schiessl IM, Magnin JL, Kern U, Alli AA, Mollet G, Schilling O, Castrop H, Theilig F: Cathepsin B increases ENaC activity leading to hypertension early in nephrotic syndrome. J Cell Mol Med, 2019; 23 (10): 6543-6553. : http://dx.doi.org/10.1111/jcmm.14387
  • Leichsenring J, Horak P, Kreutzfeldt S, Heining C, Christopoulos P, Volckmar AL, Neumann O, Kirchner M, Ploeger C, Budczies J, Heilig CE, Hutter B, Frohlich M, Uhrig S, Kazdal D, Allgauer M, Harms A, Rempel E, Lehmann U, Thomas M, Pfarr N, Azoitei N, Bonzheim I, Marienfeld R, Moller P, Werner M, Fend F, Boerries M, von Bubnoff N, Lassmann S, Longerich T, Bitzer M, Seufferlein T, Malek N, Weichert W, Schirmacher P, Penzel R, Endris V, Brors B, Klauschen F, Glimm H, Frohling S, Stenzinger A: Variant classification in precision oncology. Int J Cancer, 2019; 145 (11): 2996-3010. : http://dx.doi.org/10.1002/ijc.32358
  • Luck M, Velazquez Escobar F, Glass K, Sabotke MI, Hagedorn R, Corellou F, Siebert F, Hildebrandt P, Hegemann P: Photoreactions of the Histidine Kinase Rhodopsin Ot-HKR from the Marine Picoalga Ostreococcus tauri. Biochemistry-us, 2019; 58 (14): 1878-1891. : http://dx.doi.org/10.1021/acs.biochem.8b01200
  • Malla SR, Krueger B, Wartmann T, Sendler M, Mahajan UM, Weiss FU, Thiel FG, De Boni C, Gorelick FS, Halangk W, Aghdassi AA, Reinheckel T, Gukovskaya AS, Lerch MM, Mayerle J: Early trypsin activation develops independently of autophagy in caerulein-induced pancreatitis in mice. Cell Mol Life Sci, 2019. : http://dx.doi.org/10.1007/s00018-019-03254-7 (in Druck)
  • Mastroianni J, Stickel N, Andrlova H, Hanke K, Melchinger W, Duquesne S, Schmidt D, Falk M, Andrieux G, Pfeifer D, Dierbach H, Schmitt-Graeff A, Meiss F, Boerries M, Zeiser R: miR-146a Controls Immune Response in the Melanoma Microenvironment. Cancer Res, 2019; 79 (1): 183-195. : http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-18-1397
  • Mitschke J, Burk UC, Reinheckel T: The role of proteases in epithelial-to-mesenchymal cell transitions in cancer. Cancer Metast Rev, 2019. : http://dx.doi.org/10.1007/s10555-019-09808-2 (in Druck)
  • Ohmer M, Tzivelekidis T, Niedenfuhr N, Volceanov-Hahn L, Barth S, Vier J, Borries M, Busch H, Kook L, Biniossek ML, Schilling O, Kirschnek S, Hacker G: Infection of HeLa cells with Chlamydia trachomatis inhibits protein synthesis and causes multiple changes to host cell pathways. Cell Microbiol, 2019; 21 (4): e12993-e12993. : http://dx.doi.org/10.1111/cmi.12993
  • Oria VO, Lopatta P, Schmitz T, Preca BT, Nystrom A, Conrad C, Bartsch JW, Kulemann B, Hoeppner J, Maurer J, Bronsert P, Schilling O: ADAM9 contributes to vascular invasion in pancreatic ductal adenocarcinoma. Mol Oncol, 2019; 13 (2): 456-479. : http://dx.doi.org/10.1002/1878-0261.12426
  • Rex J, Lutz A, Faletti LE, Albrecht U, Thomas M, Bode JG, Borner C, Sawodny O, Merfort I: IL-1beta and TNFalpha Differentially Influence NF-kappaB Activity and Front Physiol, 2019; 10 (online): 117-117. : http://dx.doi.org/10.3389/fphys.2019.00117
  • Rigogliuso G, Biniossek ML, Goodier JL, Mayer B, Pereira GC, Schilling O, Meese E, Mayer J: A human endogenous retrovirus encoded protease potentially cleaves numerous cellular proteins. Mobile Dna-uk, 2019; 10: 36-36. : http://dx.doi.org/10.1186/s13100-019-0178-z
  • Sato T, Yamashina S, Izumi K, Ueno T, Koike M, Ikejima K, Peters C, Watanabe S: Cathepsin L-deficiency enhances liver regeneration after partial hepatectomy. Life Sci, 2019; 221: 293-300. : http://dx.doi.org/10.1016/j.lfs.2019.02.040
  • Schumacher D, Andrieux G, Boehnke K, Keil M, Silvestri A, Silvestrov M, Keilholz U, Haybaeck J, Erdmann G, Sachse C, Templin M, Hoffmann J, Boerries M, Schafer R, Regenbrecht CRA: Heterogeneous pathway activation and drug response modelled in colorectal-tumor-derived 3D cultures. Plos Genet, 2019; 15 (3): e1008076-e1008076. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1008076
  • Schwenck J, Maurer A, Fehrenbacher B, Mehling R, Knopf P, Mucha N, Haupt D, Fuchs K, Griessinger CM, Bukala D, Holstein J, Schaller M, Menendez IG, Ghoreschi K, Quintanilla-Martinez L, Gutschow M, Laufer S, Reinheckel T, Rocken M, Kalbacher H, Pichler BJ, Kneilling M: Cysteine-type cathepsins promote the effector phase of acute cutaneous delayed-type hypersensitivity reactions. Theranostics, 2019; 9 (13): 3903-3917. : http://dx.doi.org/10.7150/thno.31037
  • Shahinian JH, Rog-Zielinska EA, Schlimpert M, Mayer B, Tholen S, Kammerer B, Biniossek ML, Beyersdorf F, Schilling O, Siepe M: Impact of Left Ventricular Assist Device Therapy on the Cardiac Proteome and Metabolome Composition in Ischemic Cardiomyopathy. Artif Organs, 2019. : http://dx.doi.org/10.1111/aor.13566
  • Volckmar AL, Leichsenring J, Kirchner M, Christopoulos P, Neumann O, Budczies J, Morais de Oliveira CM, Rempel E, Buchhalter I, Brandt R, Allgauer M, Talla SB, von Winterfeld M, Herpel E, Goeppert B, Lier A, Winter H, Brummer T, Frohling S, Faehling M, Fischer JR, Heussel CP, Herth F, Lasitschka F, Schirmacher P, Thomas M, Endris V, Penzel R, Stenzinger A: Combined targeted DNA and RNA sequencing of advanced NSCLC in routine molecular diagnostics: Analysis of the first 3,000 Heidelberg cases. Int J Cancer, 2019; 145 (3): 649-661. : http://dx.doi.org/10.1002/ijc.32133
  • Wanner N, Vornweg J, Combes A, Wilson S, Plappert J, Rafflenbeul G, Puelles VG, Rahman RU, Liwinski T, Lindner S, Grahammer F, Kretz O, Wlodek ME, Romano T, Moritz KM, Boerries M, Busch H, Bonn S, Little MH, Bechtel-Walz W, Huber TB: DNA Methyltransferase 1 Controls Nephron Progenitor Cell Renewal and Differentiation. J Am Soc Nephrol, 2019; 30 (1): 63-78. : http://dx.doi.org/10.1681/ASN.2018070736
  • Weinberg F, Griffin R, Frohlich M, Heining C, Braun S, Spohr C, Iconomou M, Hollek V, Roring M, Horak P, Kreutzfeldt S, Warsow G, Hutter B, Uhrig S, Neumann O, Reuss D, Heiland DH, von Kalle C, Weichert W, Stenzinger A, Brors B, Glimm H, Frohling S, Brummer T: Identification and characterization of a BRAF fusion oncoprotein with retained autoinhibitory domains. Oncogene, 2019. : http://dx.doi.org/10.1038/s41388-019-1021-1 (in Druck)
  • Weise SC, Arumugam G, Villarreal A, Videm P, Heidrich S, Nebel N, Dumit VI, Sananbenesi F, Reimann V, Craske M, Schilling O, Hess WR, Fischer A, Backofen R, Vogel T: FOXG1 Regulates PRKAR2B Transcriptionally and Posttranscriptionally via miR200 in the Adult Hippocampus. Mol Neurobiol, 2019; 56 (7): 5188-5201. : http://dx.doi.org/10.1007/s12035-018-1444-7
  • Zhang HE, Hamson EJ, Koczorowska MM, Tholen S, Chowdhury S, Bailey CG, Lay AJ, Twigg SM, Lee Q, Roediger B, Biniossek ML, O'Rourke MB, McCaughan GW, Keane FM, Schilling O, Gorrell MD: Identification of Novel Natural Substrates of Fibroblast Activation Protein-alpha by Differential Degradomics and Proteomics. Mol Cell Proteomics, 2019; 18 (1): 65-85. : http://dx.doi.org/10.1074/mcp.RA118.001046
Reviews/Übersichtsartikel in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Hillebrand LE, Reinheckel T: Impact of proteolysis on cancer stem cell functions. Biochimie, 2019. : http://dx.doi.org/10.1016/j.biochi.2019.03.002 (in Druck)
  • Joos S, Nettelbeck DM, Reil-Held A, Engelmann K, Moosmann A, Eggert A, Hiddemann W, Krause M, Peters C, Schuler M, Schulze-Osthoff K, Serve H, Wick W, Puchta J, Baumann M: German Cancer Consortium (DKTK) - A national consortium for translational cancer research. Mol Oncol, 2019; 13 (3): 535-542. : http://dx.doi.org/10.1002/1878-0261.12430

Besondere wissenschaftliche Aktivitäten

Abschlussarbeiten