Research Report for the year 1980-2014

Scientific publications

Journal Articles:
  • Boeker M, Andel P, Seidl M, Streicher A, Schneevoigt T, Dern P, Frankenschmidt A: Uro Island I – Game-based E-Learning in der Urologie. GMS Med Inform Biom Epidemiol, 2009; 5 (1) (online): Doc03. : http://dx.doi.org/10.3205/mibe000082
  • Boeker M, Andel P, Vach W, Frankenschmidt A: Game-based e-learning is more effective than a conventional instructional method: a randomized controlled trial with third-year medical students. Plos One, 2013; 8 (12) (online): e82328. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0082328
  • Boeker M, Jansen L, Grewe N, Röhl J, Schober D, Seddig-Raufie D, Schulz S: Effects of Guideline-Based Training on the Quality of Formal Ontologies: A Randomized Controlled Trial. Plos One, 2013; 8 (5) (online): e61425. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061425
  • Boeker M, Klar R: E-Learning in der ärztlichen Aus- und Weiterbildung. Methoden, Ergebnisse, Evaluation. Bundesgesundheitsblatt, Gesundheitsforschung, Gesundheitsschutz, 2006; 49 (5): 405-411.
  • Boeker M, Mühlich M, Just M, Klar R, Daschner FD: Greeninghealthcare: Open Source Internet-Portal und E-Learning Plattform für den Umweltschutz im Krankenhaus. German Medical Science, 2005 (online): Doc05. : http://www.egms.de/en/meetings/gmds2005/05gmds417.shtml
  • Boeker M, Schober D, Schulz S, Balzer F: Ontology of Bio-Medical Educational Objectives (OBEO): ein Vorschlag für eine Ontologie medizinischer Lernziele. A proposal for an Ontology of Bio-Medical Educational Objectives (OBEO). GMS German Medical Science (GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie), 2010; 6 (2) (online): DOC11. : http://www.egms.de/en/journals/mibe/2010-6/mibe000111.shtml (download: http://www.egms.de/pdf/journals/mibe/2010-6/mibe000111.pdf)
  • Boeker M, Tchorz J, Streicher A, Gutwald R, Klar R, Schmelzeisen R: E-Learning in der Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie: elektronisches Lehrbuch und interaktive Fallpräsentation mit XML. (E-learning in Oral and Maxillofacial Surgery: E-book and interactive case presentation with XML). GMS Med Inform Biom Epidemiol, 2006; 2 (3) (online): Doc15. : http://www.egms.de/en/journals/mibe/2006-2/mibe000034.shtml
  • Boeker M, Tudose I, Hastings J, Schober D, Schulz S: Unintended consequences of existential quantifications in biomedical ontologies. Bmc Bioinformatics, 2011; 12 (online): 456. : http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-456
  • Boeker M, Vach W, Motschall E: Google Scholar as replacement for systematic literature searches: good relative recall and precision are not enough. Bmc Med Res Methodol, 2013; 13 (1) (online): 131-131. : http://dx.doi.org/10.1186/1471-2288-13-131
  • Braun M, Brandt AU, Schulz S, Boeker M: Validating archetypes for the Multiple Sclerosis Functional Composite. Bmc Med Inform Decis, 2014; 14 (1) (online): 64. : http://dx.doi.org/10.1186/1472-6947-14-64
  • Duque-Ramos A, Boeker M, Jansen L, Schulz S, Iniesta M, Fernandez-Breis JT: Evaluating the Good Ontology Design Guideline (GoodOD) with the Ontology Quality Requirements and Evaluation Method and Metrics (OQuaRE). Plos One, 2014; 9 (8) (online): e104463. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0104463
  • Hofmann-Apitius M, Fluck J, Furlong L, Fornes O, Kolarik C, Hanser S, Boeker M, Schulz S, Sanz F, Klinger R, Mevissen T, Gattermayer T, Oliva B, Friedrich CM: Knowledge environments representing molecular entities for the virtual physiological human. Philos T R Soc A, 2008; 366 (1878): 3091-3110. : http://dx.doi.org/10.1098/rsta.2008.0099
  • López-García P, Boeker M, Illarramendi A, Schulz S: Usability-driven pruning of large ontologies: the case of SNOMED CT. J Am Med Inform Assn, 2012; 19 (e1): e102-e109. : http://dx.doi.org/10.1136/amiajnl-2011-000503
  • Müller C, Boeker M, Claßen J, Klar R, Lutterbach J: OncoCase. Fallbasiertes Lernen in der Neuro-Onkologie. GMS Z Med Ausbild, 2006; 23 (1): Doc07. : http://www.egms.de/en/journals/zma/2006-23/zma000226.shtml
  • Schober D, Boeker M, Bullenkamp J, Huszka C, Depraetere K, Teodoro D, Nadah N, Choquet R, Daniel C, Schulz S: The DebugIT core ontology: semantic integration of antibiotics resistance patterns. Stud Health Technol Inform, 2010; 160 (Pt 2): 1060-1064. : http://booksonline.iospress.nl/Content/View.aspx?piid=17536
  • Schober D, Tudose I, Svatek V, Boeker M: OntoCheck: verifying ontology naming conventions and metadata completeness in Protégé 4. Journal of Biomedical Semantics, 2012; 3 Suppl. 2 (online): S4. : http://dx.doi.org/10.1186/2041-1480-3-S2-S4
  • Schulz S, Boeker M, Stenzhorn H, Niggemann J: Granularity Issues in the Alignment of Upper Ontologies. Method Inform Med, 2009; 48 (2): 184-189. : http://dx.doi.org/10.3414/ME9221
  • Schulz S, Stenzhorn H, Boeker M: The ontology of biological taxa. Bioinformatics, 2008; 24 (13): i313-i321. : http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/13/i313
  • Schulz S, Stenzhorn H, Boeker M, Smith B: Strengths and limitations of formal ontologies in the biomedical domain. RECIIS - Electronic Journal in Communication, Information and Innovation in Health, 2009; 3 (1): 31-45. : http://dx.doi.org/10.3395/reciis.v3i1.241en
  • Schulz S, Suntisrivaraporn B, Baader F, Boeker M: SNOMED reaching its adolescence: Ontologists’ and logicians’ health check. Int J Med Inform, 2009; 78 Suppl. 1: 86-94. : http://dx.doi.org/10.1016/j.ijmedinf.2008.06.004
  • Seddig-Raufie D, Jansen L, Schober D, Boeker M, Grewe N, Schulz S: Proposed actions are no actions: re-modeling an ontology design pattern with a realist top-level ontology Journal of Biomedical Semantics, 2012; 3 Suppl. 2 (online): S2. : http://dx.doi.org/10.1186/2041-1480-3-S2-S2
  • Stahl A, Boeker M, Ehlken C, Agostini H, Reinhard T: [Evaluation of an Internet-based e-learning ophthalmology module for medical students.] Evaluation eines internetbasierten E-Learnings fur den Studentenunterricht im Fach Augenheilkunde. Ophthalmologe, 2009; 106: 999-1005. : http://dx.doi.org/10.1007/s00347-009-1916-2
  • Stenzhorn H, Schulz S, Boeker M, Smith B: Adapting Clinical Ontologies in Real-World Environments. J Univers Comput Sci, 2008; 14 (22): 3767-3780. : http://dx.doi.org/10.3217/jucs-014-22-3767
Book Chapters:
  • Boeker M, Pelikan E: Gesundheits-Telematik - Anwendungsspektrum und Sicherheits-Infrastruktur. In: Hurrelmann K, Leppin A (Hrsg.): Moderne Gesundheitskommunikation. Vom Aufklärungsgespräch zur E-Health. Bern: Hans Huber, 2001; 259-276.
  • Boeker M, Streicher A, Gaudes R, Klar R: InfoServerPlus - ein Terminal-Server basierter Informations- und Wissensdienst am Universitätsklinikum Freiburg. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 241-249.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Boeker M, Tschorz J, Klar R, Schmelzeisen R, Gutwald R: o3 - eine integrierte E-Learning Plattform für die Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 207-216.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Boeker M, Tschorz J, Seidl M, Steicher A, Klar R, Schmelzeisen R, Gutwald R: Entwicklung und Evaluation einer E-Learning Plattform für die Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie. In: Kundt G, Bernauer J, Fischer M, et al. (Hrsg.): eLearning in der Medizin und Zahnmedizin. Proceedings zum 11. Workshop der GMDS AG Computergestützte Lehr- und Lernsysteme in der Medizin, Universität Rostock, 17./18. Mai 2007. Aachen: Shaker Verlag, 2007; 202-213 (Medizinischen Informatik und Bioinformatik .).
  • Evers C., Schulz S., Pschichholz H., Boeker M., Klar R.: 4 Jahre InfoServer im Universitätsklinikum Freiburg. Ergebnisse einer Benutzerbefragung. In: Koop A., Novak D.K.. (Hrsg.): Computergestützte Ausbildung in der Medizin. Proceedings zum 5. Workshop der GMDS AG Computergestützte Lehr- und Lernsysteme in der Medizin. Shaker, 2000; 50-58..
  • Mühlich M, Klar R, Daschner F, Boeker M: Greeninghealthcare.de: eine Plattform für den Umweltschutz im Krankenhaus - Lernen, Wissen, Dialog. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 231-239.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Müller C, Boeker M, Klar R, Lutterbach J: OncoCase: Fallbasiertes Lernen in der Neuro-Onkologie. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 195-205.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Pschichholz H, Boeker M, Gaudes R, Schulz S, Klar R: InfoServerPlus: Providing a Medical Library as Application Service. In: Surjan G, Engelbrecht R, McNair P (Hrsg.): Health Data in the Information Society. Proceedings of the MIE2002. Amsterdam: IOS Press, 2002; 189-194.
  • Schuler T, Boeker M, Klar R, Müller M: A Generic, Web-based Clinical Information System Architecture Using HL7 CDA: Successful Implementation in Dermatological Routine Care. In: K.A. Kuhn, J.R. Warren, T.-Y. Leong (Hrsg.): MEDINFO 2007 - Proceedings of the 12th World Congress on Health (Medical) Informatics – Building Sustainable Health Systems. Amsterdam: IOS Press, 2007; 439-443 (Studies in Health Technology and Informatics, Vol. 129).
  • Schulz S, Boeker M, Stenzhorn H: How granularity issues concern biomedical ontology integration. In: S.K. Andersen, G.O. Klein, S. Schulz, J. Aarts, M.C. Mazzoleni (Hrsg.): eHealth Beyond the Horizon – Get IT There - Proceedings of MIE2008 – The XXIst International Congress of the European Federation for Medical Informatics. Amsterdam: IOS Press Books Online, 2008; 863-868 (Stud Health Technol Inform).: http://www.booksonline.iospress.nl/Content/View.aspx?piid=8839
  • Seidl M, Bengsch B, Menz H-G, Boeker M, Schönberger J: Cicil - ein Lernprogramm für Freiburger Studierende der Medizin. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 217-224.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Selke K, Boeker M, Klar R, Berner R, Superti-Furga A: Erste Erfahrungen mit dem Einsatz von fallorientiertem und counterbasiertem Training im reformierten Pädiatrie-Curriculum am Zentrum für Kinderheilkunde und Jugendmedizin des Universitätsklinikums Freiburg. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 185-193.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
  • Stahl A, Boeker M, Agostini H, Reinhard T: Interaktives E-Learning im Blockpraktikum Augenheilkunde. In: Schneider G, Couné B, Gayer C, et al. (Hrsg.): Neue Medien als strategische Schrittmacher an der Universität Freiburg. Wie Informations- und Kommunikationstechnologien Studium, Verwaltung und Forschung verändern. Freiburg: Universitätsbibliothek Freiburg, 2007; 225-230.: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/3228/
Short Communications:
  • Boeker M, Vach W, Motschall E: Semantically equivalent PubMed and Ovid-MEDLINE queries: different retrieval results because of database subset inclusion. J Clin Epidemiol, 2012; 65 (8): 915-916. : http://dx.doi.org/10.1016/j.jclinepi.2012.01.015
  • Boeker M, Vach W, Motschall E: Leser Forum: Recherche: Fragwürdig (Leserbrief zu Heinzl S: Medizinisch-Wissenschaftliche Recherche: Google Scholar ist PubMed möglicherweise überlegen. Deutsches Ärzteblatt 49/2012). Deutsches Ärzteblatt, 2013; 110 (9): A-390. : http://www.aerzteblatt.de/archiv/134974/Recherche-Fragwuerdig
Oral Presentations:
  • Hanser S, Fluck J, Furlong L I, Friedrich C, Hofmann-Apitius M, Stenzhorn H, Boeker M: Knowledge Structuring and Retrieval for Intracranial Aneurysm Research (Poster). 2008 (HealthGrid Conference 2008, 2.-4. June, Chicago). : http://chicago2008.healthgrid.org/
  • Raufie D, Schulz S, Schober D, Jansen L, Boeker M: Redesigning an Ontology Design Pattern for Realist Ontologies 2011 (Ontologien in Biomedizin und Lebenswissenschaften (OBML) Workshop 2011). : http://wiki.imise.uni-leipzig.de/Gruppen/OBML/Workshops/2011
  • Schober D, Boeker M: Ontology Simplification: new buzzword or real need? 2010 (2nd Workshop of Ontologies in Biomedicine and Life Sciences (OBML), Mannheim, 9.-10.9. 2010). : http://www.bioontology.org/node/628
  • Schober D, Boeker M, Schulz S, Tudose I: Developing DCO: The DebugIT Core Ontology for Antibiotics Resistence Modelling. 2010 (Fourth International Symposium on Semantic Mining in Biomedicine (SMBM), 25th -26th October, 2010). : http://www.smbm.eu/
  • Schober D, Raufie D, Boeker M, Schulz S: Pre-coordination vs. post-coordination: different ontology engineering requirements and patterns. 2010 (2nd ECAI Workshop on Knowledge Representation for Health Care (KR4HC). Lissabon, 16.-20.8.2010). : http://ecai2010.appia.pt/
Conference Papers:
  • Boeker M: Informations-Portal für Medizinstudenten auf Basis von Open Source Software am Universitätsklinikum Freiburg (Poster). Kooperative Versorgung. Vernetzte Forschung. Ubiquitäre Information. Der Mensch im Mittelpunkt der Gesundheitssysteme des 21. Jahrhunderts. Chancen durch Medizinische Informatik, Biometrie und Epidem., 2004 (gmds2004, 26.-30. Sept. 2004, Innsbruck), Ammenwerth E, Gaus W, Haux R, Lovis C, Pfeiffer KP, Tilg B, Wichmann HE (Hrsg).
  • Boeker M, Biller S, Agostini H, Klar R, Reinhard T, Stahl A: E-Learning in Ophthalmology: An Approach with High Learner Acceptance (poster). 2007 (Medinfo 2007, Brisbane, Australia).
  • Boeker M, Jentzsch C, Klar R: Structuring of medical documents with XML: enhancing retrieval and presentation of pathology reports. Medinfo, 2004 (MEDINFO 2004).
  • Boeker M, Mühlich M, Just M, Klar R, Daschner FD: Greeninghealthcare: Open Source Internet-Portal und E-Learning Plattform für den Umweltschutz im Krankenhaus. Quintessenz Verlags-GmbH, 2005: 30-36 (eLearning in der Medizin und Zahnmedizin. Proceedings zum 9. Workshop der gmds-AG. Computergestützte Lehr- und Lernsysteme in der Medizin, Freiburg, 13. September 2005.), Matthies HK, Fischer MR, Haag M, Klar R, Puppe F (Hrsg).
  • Boeker M, Müller C, Klar R, Lutterbach J: OncoCase: interdisciplinary case based teaching in Neuro-Oncology based on the campus platform. Proceedings of the American Medical Informatics Association Symposium (AMIA '06), 2005: 898.
  • Boeker M, Schönberger J, Klar R: Computer- und Internet-Nutzung durch Medizinstudenten am Universitätsklinikum Freiburg. Kooperative Versorgung. Vernetzte Forschung. Ubiquitäre Information. Der Mensch im Mittelpunkt der Gesundheitssysteme des 21. Jahrhunderts. Chancen durch Medizinische Informatik, Biometrie und Epidem., 2004: 477-479 (gmds2004, 26.-30. Sept. 2004, Innsbruck), Ammenwerth E, Gaus W, Haux R, Lovis C, Pfeiffer KP, Tilg B, Wichmann HE (Hrsg).
  • Boeker M, Schulz S, Klar R, Hanser S: A Web-Based Ontology Browser for the @neurIST Biomedical Ontology. 2007 (The 31st Annual Conference of the German Classification Society (GfKl). Data Analysis, Machine Learning, and Applications, University of Freiburg).
  • Boeker M, Stenzhorn H, Balzer F, Schulz S: Towards an Ontology of Biomedical Educational Objectives. 2009: 55-59 (ICBO: International Conference on Biomedical Ontology, 2009, Buffalo, New York, USA). : http://icbo.buffalo.edu/Proceedings.pdf
  • Boeker M, Stenzhorn H, Kumpf K, Bijlenga P, Schulz S, Hanser S: The @neurIST Ontology of Intracranial Aneurysms: Providing Terminological Services for an Integrated IT Infrastructure. AMIA Annu Symp Proc, 2007: 56-60 (AMIA 2007 Annual Symposium (AMIA 2007), Chicago, USA, November 2007). : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2655878/?tool=pubmed
  • Boeker M, Stenzhorn H, Schulz S: Applying a biomedical top-level ontology to encode biological taxa. AMIA Annu Symp Proc, 2008: 882 (AMIA 2008 Annual Symposium (AMIA 2008), Washington, USA, November 2008).
  • Boeker M, Tschorz J, Streicher A, Klar R, Gutwald R, Schmelzeisen R: Combined Interactive Presentation of Patient Cases and Linear Contents: An Application in Oral and Maxillofacial Surgery (poster). 2007 (Medinfo 2007, Brisbane, Australia).
  • Boeker M, Vach W, Motschall E: Time-dependent migration of citations through PubMed and OvidSP subsets: a study on a series of simultaneous PubMed and OvidSP searches. [Poster 791]. Stud Health Technol Inform, 2013; 192: 1196 (MEDINFO 2013 Copenhagen), Lehmann CU, Ammenwerth E, Nøhr C (Hrsg). : http://dx.doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1196
  • Boeker M., Klar R.: Kommunikationsstandards in der Medizin. 4. Kongress des Tumorzentrums Freiburg, 2.-5.2.2000. Onkologie, 2000; 23 suppl. 1: 17.
  • Braun M, Brandt AU, Boeker M: Validierte Archetypen für das Multiple Sclerosis Functional Composite. GMS German Medical Science (GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie), 2012 (online) (57. GMDS-Jahrestagung Braunschweig). : http://www.egms.de/en/meetings/gmds2012/12gmds068.shtml
  • Braun M, Kirschner J, Vach W, Boeker M: Evaluation einer Ratgeberapplikation für die Muskeldystrophie Duchenne. GMS German Medical Science, 2014 (online): 266 (59. GMDS Jahrestagung, Göttingen, 7.-10.9.2014: Big Data und Forschungsinfrastruktur - Perspektiven für die Medizin.). : http://dx.doi.org/10.3205/14gmds133
  • Braun M, Mansow-Model S, Bischoff S, Paul F, Brandt AU, Boeker M: Erfahrungen mit der Entwicklung von Archetypen bei der Repräsentation des Multiple Sclerosis Functional Composite. GMS German Medical Science (GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie), 2011 (online) (56. GMDS-Jahrestagung und 6. DGEpi-Jahrestagung, Mainz). : http://www.egms.de/static/en/meetings/gmds2011/11gmds417.shtml
  • Braun M, Metzger J, Boeker M, Vach W, Gramsch K, Kirschner J: Entwicklung einer mobilen Applikation zur Information von Patienten, Angehörigen und Personen aus Gesundheitsberufen über die Muskeldystrophie Duchenne. GMS German Medical Science, 2013 (online) (58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS), Lübeck 1.-5.9.2013), Handels H, Ingenerf J (Hrsg). : http://dx.doi.org/10.3205/13gmds024
  • Hanser S, Boeker M: Design einer Ontologie zerebraler Aneurysmen. GMS German Medical Science, 2007 (Kongress Medizin und Gesellschaft, GMDS 2007, Augsburg). : http://www.egms.de/en/meetings/gmds2007/07gmds135.shtml
  • Hanser S, Boeker M, Kumpf K, Schulz S: Design of an Ontology on Cerebral Aneurisms: Representing the Conceptual Space of the @neurIST Project (poster) 2007 (Medinfo 2007, Brisbane, Australia).
  • Schober D, Cools H, Choquet R, Mels G, Depraetere K, Boeker M, Colaert D: Layered ontology-facilitated clinical data integration within the DebugIT EU project. GMS German Medical Science (GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie), 2011 (online) (56. GMDS-Jahrestagung und 6. DGEpi-Jahrestagung, Mainz). : http://www.egms.de/static/de/meetings/gmds2011/11gmds465.shtml
  • Schulz S, Bernhardt-Melischnig J, Kreuzthaler M, Daumke P, Boeker M: Machine vs. Human Translation of SNOMED CT Terms. Stud Health Technol Inform, 2013; 192: 581-584 (MEDINFO 2013 Copenhagen). : http://dx.doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-581
  • Schulz S, Raufie D, Boeker M: Scalable representations of diseases in biomedical ontologies 2010 (The 13th Annual Bio-Ontologies Meeting, Boston MA). : http://linkshrink.de/17716/
  • Schulz S, Stenzhorn H, Boeker M, Klar R, Smith B: Clinical Ontologies Interfacing the Real World. 2007 (3. International Conference on Semantic Technologies (i-semantics 2007), Graz, Österreich, September 2007).
Other publications (type Sonstiges):