Partner-Projekt des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur – de.NBI: "Structured Analysis and Integration of RNA-Seq experiments (de.STAIR)"

Das primäre Ziel des deutschen RNA Bioinformatik Zentrum (RBC) ist es, die Analyse von RNA Daten erheblich zu vereinfachen. In Zusammenarbeit mit anderen Konsortien innerhalb von de.NBI bietet es aktuelle Werkzeuge sowie ein umfangreiches Ausbildungsangebot und leistet direkte Unterstützung bei der in-silico Analyse von RNA Daten. Das RBC verfügt bereits über eine flexible Infrastruktur, die die Analyse von RNA Daten mit verschiedenen Werkzeugen deutlich erleichtern. Die GALAXY Plattform ermöglicht es auch Forschern ohne eine spezialisierte Bioinformatikausbildung, eine Vielzahl von komplexen Analysen durchzuführen und stellt dabei gleichzeitig eine gründliche Dokumentation und einen hohen Grad an Reproduzierbarkeit aller in-silico-Analysen sicher. Seit der Eröffnung des RBC hat die Nachfrage an integrativen Untersuchungen von RNA Daten, insbesondere auf dem Gebiet der RNA-Sequenzierung, stetig zugenommen. Diese Technologie ermöglicht die Beantwortung einer Vielzahl gesundheitsbezogener, technologischer und ökologischer Fragestellungen. Auch die Komplexität der RNA-Seq basierten Untersuchungen (Sequenzierungen von Mikrobiomen, Infektionsmodelle etc.) nimmt stetig zu. Zudem besteht der Bedarf die Ergebnisse der RNA-Seq mit anderen Experimenten zu vergleichen (DNA-Sequenzierung, ChIP-Sequenzierungen etc.). Sinkende Kosten von Next Generation Sequencing (NGS) Technologien werden die Nachfrage nach der Integration dieser verschiedenen Experimente weiter erhöhen. Daher müssen die RBC-Aktivitäten auf dem Gebiet der RNA-Seq Datenanalyse erheblich erweitert werden. Das Partnerprojekt de.STAIR bietet (i) flexible Workflows für die Auswertung verschiedener RNA-Seq Protokolle und experimenteller Designs als Service, (ii) die Ergebnisse dieser Auswertungen in einen erweiterten biologischen Kontext einzubetten (Datenintegration mit anderen Experimenten und Datenbanken) sowie (iii) neue Analyseverfahren zu entwickeln und in die RBC-Workbench zu integrieren. Darüberhinaus bietet das Partnerprojekt de.STAIR im Rahmen des bereits etablierten RBC-Trainingsprogrammes (iv) spezialisierte Schulungen für die fortgeschrittene RNA-Seq Analyse an. Diese Schulungen decken grundlegende Aspekte des experimentellen Design von RNA-Seq-Studien, die Verwendung Galaxy-Workflows sowie die Integration von RNA-Seq Daten mit anderen Experimenten ab.

Projektbeginn: 01.11.2016
Projektende: 31.10.2019

Hess W.R.

Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Institut für Biologie III
Genetik und Experimentelle Bioinformatik
Schänzlestr. 1
79104 Freiburg

Telefon: ++49-761-203-2796
Fax: ++49-761-203-2745
Email: karin.laubenberger@biologie.uni-freiburg.de
http://www.cyanolab.de/

Dr. Dr. Steve Hoffmann (coordinator) Transcriptome Bioinformatics Group, LIFE Research Complex, University Leipzig, Härtelstrasse 16-18, 04107 Leipzig, Germany Prof. Dr. Olaf Wolkenhauer Department of Systems Biology & Bioinformatics, University of Rostock, Ulmenstr. 69, 18057 Rostock, Germany

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