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 Forschungsbericht für das Jahr 2017

Physikalisches Institut

Dynamische Prozesse in den Lebenswissenschaften

Prof. Dr. Jens Timmer

Hermann - Herder Str. 3
79104 Freiburg
Tel: +49/761/203-5829 Fax: +49/761/203-8541
Email jeti@fdm.uni-freiburg.de
http://webber.physik.uni-freiburg.de/~jeti/


Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

  • Prof. Dr. Jens Timmer
  • Dr. Daniel Kaschek, Postdoc (m/w)
  • Dr. Clemens Kreutz
  • Dipl.-Biol. Johannes Bausch
  • Dr. Miriam Fehling-Kaschek
  • Dr. Bente Kofahl, Postdoc (m/w)
  • Dr. Malenka Mader, Postdoc (m/w)
  • Dr. Joep Vanlier
  • Dr. Raphael Engesser
  • Dipl.-Phys. Helge Hass
  • Dr. Wolfgang Mader, Postdoc (m/w)
  • M.Sc. Marcus Rosenblatt
  • Dr. Bernhard Steiert
  • Dipl. Phys. Christian Tönsing, PhD
  • M.Sc. Janine Egert, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • Denis Gebele
  • B.Sc. Martin Huschka
  • M.Sc. Svenja Kemmer, Doktorand (m/w)
  • M.Sc. Daniel Lill
  • Dennis Pohnke, Sonstiger Student (m/w)
  • B.Sc. Lukas Refisch, Doktorand (m/w)
  • B.Sc. Timo Schweiger, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • B.Sc. Charlotte Voigt
  • B.Sc. Franz-Georg Wieland
  • B.Sc. Adrian Hauber
  • B.Sc. Valentin Hoffmann
  • Robin Thomm
Einträge in der Rubrik "Who is Who"

Forschungsschwerpunkte

  • - Anwendungen in der Zellbiologie
  • - Entwicklung mathematischer Methoden zur datenbasierten Analyse und Modellierung biomedizinischer Systeme

Wissenschaftliche Projekte und Forschungsvorhaben


  • "e:Bio - Modull-II - Verbundprojekt: MS_DILI - Multi-Skalen Modellierung der Medikamenteninduzierten Leberschädigung - Teilprojekt B
  • "e-Med - Demonstrationen zur Individualisierten Medizin" HER2-Low
  • "ERASysAPP: IMOMESIC
  • Anwendung eines DNp73-IGF1R basierten Systemmodells
  • DFG TRR179 - Teilprojekt 10: Determinants and dynamics of elimination versus persistence of hepatitis virus infection.
  • LiSym - Verbundprojekt/Programm-Management: Pillar II/III - Chronische Lebererkrankungen (CLD), Regeneration und Reparatur in Acute-on-Chronic Liver Failure (ACLF)
  • Mechanism-Based Integrated Systems for the Prediction of Drug-Induced Liver Injury (MIP-DILI)

Wissenschaftliche Publikationen

Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Adlung L, Kar S, Wagner M-C, She B, Chakraborty S, Bao J, Lattermann S, Boerries M, Busch H, Wuchter P, Ho A D, Timmer J, Schilling M, Höfer T, Klingmüller: Protein abundance of AKT and ERK pathway components governs cell-type-specific regulation of proliferation Mol Syst Biol, 2017: 1-25.
  • Clemens Kreutz, Sabine MacNelly, Marie Follo, Astrid Wäldin, Petra Binninger-Lacour, Jens Timmer, María M. Bartolomé-Rodríguez: Hepatocyte ploidy is a diverstiy factor for liver homeostatis Front Physiol, 2017; 8: 862. : https://doi.org/10.3389/fphys.2017.00862
  • Hass H, Kipkeew F, Gauhar A, Bouche E, May P, Timmer J, Bock HH: Mathematical model of early Reelin-induced Src family kinase-mediated signaling. Plos One, 2017; 12 (10): e0186927-e0186927. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0186927
  • Hass H, Masson K, Wohlgemuth S, Paragas V, Allen JE, Sevecka M, Pace E, Timmer J, Stelling J, MacBeath G, Schoeberl B, Raue A: Predicting ligand-dependent tumors from multi-dimensional signaling features. NPJ Syst Biol Appl, 2017; 3: 27-27. : http://dx.doi.org/10.1038/s41540-017-0030-3
  • Koschmieder J, Fehling-Kaschek M, Schaub P, Ghisla S, Brausemann A, Timmer J, Beyer P: Plant-type phytoene desaturase: Functional evaluation of structural implications. Plos One, 2017; 12 (11): e0187628-e0187628. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0187628
  • Kulawik A, Engesser R, Elthing C, Raue A, Albrecht U, Hahn B, Lehmann W, Gästel M, Klingmüller U, Häussinger D, Timmer J, Bode J: IL-1beta induced and p38MAPK-dependent activation of the mitogen-activated protein kinase (MAPK)-activated protein kinase (MK) 2 in hepatocytes: signal transduction with robust and concentration-independent signal amplification. J. Biological Chemistry 292, 2017, 6291-6302 J Biol Chem, 2017; 2017 (15) Suppl. 6291 - 6: 6291-6302.
  • Kurzhunov D, Borowiak R, Hass H, Wagner P, Krafft A, Jens Timmer, Bock M: Quantification of Oxygen Metabolic Rates in Human Brain With Dynamic 17 O MRI: Profile Likelihood Analysis Magn Reson Med, 2017; 78: 1157-1167. : http://10.1002/mrm.26476
  • Rathmann S, Keck C, Kreutz C, Weit N, Muller M, Timmer J, Glatzel S, Follo M, Malkovsky M, Werner M, Handgretinger R, Finke J, Fisch P: Partial break in tolerance of NKG2A-/LIR-1- single KIR+ NK cells early in the course of HLA-matched, KIR-mismatched hematopoietic cell transplantation. Bone Marrow Transpl, 2017; 52 (8): 1144-1155. : http://dx.doi.org/10.1038/bmt.2017.81
  • Sobotta S, Raue A, Huang X, Vanlier J, Junger A, Bohl S, Albrecht U, Hahnel MJ, Wolf S, Mueller NS, D'Alessandro LA, Mueller-Bohl S, Boehm ME, Lucarelli P, Bonefas S, Damm G, Seehofer D, Lehmann WD, Rose-John S, van der Hoeven F, Gretz N, Theis FJ, Ehlting C, Bode JG, Timmer J, Schilling M, Klingmuller U: Model Based Targeting of IL-6-Induced Inflammatory Responses in Cultured Primary Hepatocytes to Improve Application of the JAK Inhibitor Ruxolitinib. Front Physiol, 2017; 8: 775-775. : http://dx.doi.org/10.3389/fphys.2017.00775

Besondere wissenschaftliche Aktivitäten

Preise / Ehrungen:
  • Prof. Dr. Jens Timmer: Hector Forschungspreis, 04.02.2011.

Abschlussarbeiten

Promotionen
  • Helge Hass: Quantifying cell biology: Mechanistic dynamic modeling of receptor crosstalk, 2017.
  • Raphael Engesser: Mechanistic Modeling for the Construction and Optimization of Synthetic Biological Systems, 2017.
Master
  • Lukas Refisch: Impact of parameter transformations on model calibration and model-based personalized anemia treatment, 2017.
  • Svenja Kemmer: Dynamic modeling of the MAP Kinase signaling network in breast cancer cell and its interplay with therapeutic antibodies, 2017.
  • Timo Schweiger: The Performance of Constrained Optimization for Ordinary Differential Equation Models, 2017.
Bachelor
  • Dennis Pohnke: PhySim, ein Programm zur Simulation der Bildung von Photobodies in Pflanzenzellkernen, 2017.
  • Tim Litwin: Zeittranslationsverfahren zur Konstruktion eines Fundamental-systems und der Sensitivitäten bei autonomen Differentialgleichungen, 2017.