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 Forschungsbericht für das Jahr 2018

Physikalisches Institut

Dynamische Prozesse in den Lebenswissenschaften

Prof. Dr. Jens Timmer

Hermann - Herder Str. 3
79104 Freiburg
Tel: +49/761/203-5829 Fax: +49/761/203-8541
Email jeti@fdm.uni-freiburg.de
http://webber.physik.uni-freiburg.de/~jeti/


Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

  • Prof. Dr. Jens Timmer
  • Dr. Clemens Kreutz
  • Dipl.-Biol. Johannes Bausch
  • Dr. Miriam Fehling-Kaschek
  • Dr. Agustin Rodriguez Gonzales, Postdoc (m/w)
  • Dr. Pooseh Shakoor
  • Dipl.-Phys. Christian Tönsing
  • Dr. Joep Vanlier
  • Dr. Raphael Engesser
  • Dipl.-Phys. Helge Hass
  • M.Sc. Marcus Rosenblatt
  • M.Sc. Janine Egert, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • M.Sc. Svenja Kemmer, Doktorand (m/w)
  • M.Sc. Daniel Lill
  • B.Sc. Lukas Refisch, Doktorand (m/w)
  • B.Sc. Timo Schweiger, Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w)
  • B.Sc. Charlotte Voigt
  • B.Sc. Franz-Georg Wieland
  • B.Sc. Adrian Hauber
  • B.Sc. Valentin Hoffmann
  • B.Sc. Martin Huschka
  • Robin Thomm
  • Philipp Tudor
Einträge in der Rubrik "Who is Who"

Forschungsschwerpunkte

  • - Anwendungen in der Zellbiologie
  • - Entwicklung mathematischer Methoden zur datenbasierten Analyse und Modellierung biomedizinischer Systeme

Wissenschaftliche Projekte und Forschungsvorhaben


  • "e:Bio - Modull-II - Verbundprojekt: MS_DILI - Multi-Skalen Modellierung der Medikamenteninduzierten Leberschädigung - Teilprojekt B
  • "e-Med - Demonstrationen zur Individualisierten Medizin" HER2-Low
  • "ERASysAPP: IMOMESIC
  • Anwendung eines DNp73-IGF1R basierten Systemmodells
  • DFG TRR179 - Teilprojekt 10: Determinants and dynamics of elimination versus persistence of hepatitis virus infection.
  • LiSym - Verbundprojekt/Programm-Management: Pillar II/III - Chronische Lebererkrankungen (CLD), Regeneration und Reparatur in Acute-on-Chronic Liver Failure (ACLF)

Wissenschaftliche Publikationen

Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Beyer HM, Engesser R, Horner M, Koschmieder J, Beyer P, Timmer J, Zurbriggen MD, Weber W: Synthetic Biology Makes Polymer Materials Count. Adv Mater, 2018: e1800472-e1800472. : http://dx.doi.org/10.1002/adma.201800472
  • Claire Chatelle, Rocio Ochoa-Fernandez, Raphael Engesser, Nils Schneider, Hannes M. Beyer, Alex R. Jones, Jens Timmer, Matias D. Zurbriggen, Wilfried Weber, *: A Green-Light-Responsive System for the Control of Transgene Expression in Mammalian and Plant Cells Acs Synth Biol, 2018; 7 (5): 1349-1358. : http://dx.doi.org/10.1021/acssynbio.7b00450
  • Dvornikov D, Schneider MA, Ohse S, Szczygiel M, Titkova I, Rosenblatt M, Muley T, Warth A, Herth FJ, Dienemann H, Thomas M, Timmer J, Schilling M, Busch H, Boerries M, Meister M, Klingmuller U: Expression ratio of the TGFbeta-inducible gene MYO10 is prognostic for overall survival of squamous cell lung cancer patients and predicts chemotherapy response. Sci Rep-uk, 2018; 8 (1): 9517-9517. : http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-27912-1
  • Kaschek D, Sharanek A, Guillouzo A, Timmer J, Weaver RJ: A Dynamic Mathematical Model of Bile Acid Clearance in HepaRG Cells. Toxicol Sci, 2018; 161 (1): 48-57. : http://dx.doi.org/10.1093/toxsci/kfx199
  • Lucarelli P, Schilling M, Kreutz C, Vlasov A, Boehm ME, Iwamoto N, Steiert B, Lattermann S, Wasch M, Stepath M, Matter MS, Heikenwalder M, Hoffmann K, Deharde D, Damm G, Seehofer D, Muciek M, Gretz N, Lehmann WD, Timmer J, Klingmuller U: Resolving the Combinatorial Complexity of Smad Protein Complex Formation and Its Link to Gene Expression. Cell Syst, 2018; 6 (1): 75-89.e11. : http://dx.doi.org/10.1016/j.cels.2017.11.010
  • Oppelt A, Kaschek D, Huppelschoten S, Sison-Young R, Zhang F, Buck-Wiese M, Herrmann F, Malkusch S, Kruger CL, Meub M, Merkt B, Zimmermann L, Schofield A, Jones RP, Malik H, Schilling M, Heilemann M, van de Water B, Goldring CE, Park BK, Timmer J, Klingmuller U: Model-based identification of TNFalpha-induced IKKbeta-mediated and IkappaBalpha-mediated regulation of NFkappaB signal transduction as a tool to quantify the impact of drug-induced liver injury compounds. NPJ Syst Biol Appl, 2018; 4: 23-23. : http://dx.doi.org/10.1038/s41540-018-0058-z
  • Tonsing C, Timmer J, Kreutz C: Profile likelihood-based analyses of infectious disease models. Stat Methods Med Res, 2018; 27 (7): 1979-1998. : http://dx.doi.org/10.1177/0962280217746444
  • Wagner HJ, Engesser R, Ermes K, Geraths C, Timmer J, Weber W: Characterization of the synthetic biology-inspired implementation of a materials-based positive feedback loop. Data Brief, 2018; 19: 665-677. : http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2018.05.074

Besondere wissenschaftliche Aktivitäten

Preise / Ehrungen:
  • Prof. Dr. Jens Timmer: Hector Forschungspreis, 04.02.2011.

Abschlussarbeiten

Master
  • Charlotte Vogt: Adaptet methods to replace L1 penalization in ordinary differential equations models to reveal condition-specific parameters (Erstgutachter/in Prof. Dr. Jens Timmer, Physikalisches Institut), 2018.
  • Martin Huschka: Parameter Estimation of Dynamic Models in the Case of Unknown Variances of Measurement Errors (Erstgutachter/in Prof. Dr. Jens Timmer, Physikalisches Institut), 2018.
Bachelor
  • Pascal Dolejsch: Adapted Lasso Methods for Ordinary Differential Equation Systems with Applications to Dynamic Models of Signal Transduction, 2018.
  • Philipp Alekos Tudor: Improving Parameter Estimation by Duplicating the Model Equations (Erstgutachter/in Prof. Dr. Jens Timmer, Physikalisches Institut), 2018.
  • Thomm Robin: Untersuchung der Konfidenzintervalle bei der Parameterschätzung in PK/PD Modellen , 2018.