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 Forschungsbericht für das Jahr 2017

Institut für Biologie II

Biochemie / Funktionelle Proteomik

Prof. Bettina Warscheid

Schaenzlestr. 1
79104 Freiburg i. Br.
Tel: 0761-2032689 Fax: 0761-2032601
Email biochemie@biologie.uni-freiburg.de
http://www.proteomics.uni-freiburg.de


Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

  • Prof. Dr. Bettina Warscheid
  • Apl. Prof. Dr. Gerald Radziwill
  • Akad. Rat Dr. Friedel Drepper
  • Akad. Rätin Dr. Silke Oeljeklaus
  • Dipl. Biol. Sven Fischer, Doktorand (m/w)
  • M. Sc. Anna Lena Fricke, Doktorand (m/w)
  • Dipl. Biol. Marcel Morgenstern, Doktorand (m/w)
  • M. Sc. Anja Schwäble, Doktorand (m/w)
  • Dipl.-Biol. Jennifer Schwarz, Doktorand (m/w)
  • Dipl.-Ing. (FH) Bettina Knapp
  • CTA Christa Reichenbach
Einträge in der Rubrik "Who is Who"

Forschungsschwerpunkte

  • Prof. Dr. B. Warscheid: B cell proteomics

Wissenschaftliche Projekte und Forschungsvorhaben


  • Deutsche Forschungsgemeinschaft WA 1598/2-2: Structure, Function and Regulation of the Myofibrillar Z-disc Interactome, TP 04: Study of Z-disc protein interaction and signaling networks
  • Deutsche Forschungsgemeinschaft WA 1598/5-1: Die Bedeutung der universell konservierten ATPase YchF für die zelluläre Stressantwort
    • Projektleitung: Warscheid B, Prof. Dr. Hans-Georg Koch
    • Laufzeit: 01.02.2014 bis 31.01.2017
    • Details zum Projekt
  • Transregio-SFB TRR130, C02: Analyse von Signalkomplexen und dynamischen Veränderungen der B-Zellen
  • Transregio-SFB TRR130, TP05: Die Rolle von Phosphatasen in B-Zell-Autoimmunität
    • Projektleitung: Warscheid B, Prof. Dr. Michael Reth
    • Laufzeit: 01.07.2013 bis 30.06.2017
    • Details zum Projekt

Wissenschaftliche Publikationen

Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften:
  • Blummel AS, Drepper F, Knapp B, Eimer E, Warscheid B, Muller M, Frobel J: Structural features of the TatC membrane protein that determine docking and insertion of a twin-arginine signal peptide. J Biol Chem, 2017. : http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M117.812560
  • Callegari S, Oeljeklaus S, Warscheid B, Dennerlein S, Thumm M, Rehling P, Dudek J: Phospho-ubiquitin-PARK2 complex as a marker for mitophagy defects. Autophagy, 2017; 13 (1): 201-211. : http://dx.doi.org/10.1080/15548627.2016.1254852
  • Dolezal E, Infantino S, Drepper F, Borsig T, Singh A, Wossning T, Fiala GJ, Minguet S, Warscheid B, Tarlinton DM, Jumaa H, Medgyesi D, Reth M: The BTG2-PRMT1 module limits pre-B cell expansion by regulating the CDK4-Cyclin-D3 complex Nat Immunol, 2017. : http://dx.doi.org/10.1038/ni.3774
  • Fischer A, Muhlhauser WWD, Warscheid B, Radziwill G: Membrane localization of acetylated CNK1 mediates a positive feedback on RAF/ERK signaling. Sci Adv, 2017; 3 (8): e1700475-e1700475. : http://dx.doi.org/10.1126/sciadv.1700475
  • Fischer A, Weber W, Warscheid B, Radziwill G: AKT-dependent phosphorylation of the SAM domain induces oligomerization and activation of the scaffold protein CNK1. Biochim Biophys Acta, 2017; 1864 (1): 89-100. : http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamcr.2016.10.009
  • Kruger V, Becker T, Becker L, Montilla-Martinez M, Ellenrieder L, Vogtle FN, Meyer HE, Ryan MT, Wiedemann N, Warscheid B, Pfanner N, Wagner R, Meisinger C: Identification of new channels by systematic analysis of the mitochondrial outer membrane. J Cell Biol, 2017. : http://dx.doi.org/10.1083/jcb.201706043
  • Mokada-Gopal L, Boeser A, Lehmann CHK, Drepper F, Dudziak D, Warscheid B, Voehringer D: Identification of Novel STAT6-Regulated Proteins in Mouse B Cells by Comparative Transcriptome and Proteome Analysis. J Immunol, 2017; 198 (9): 3737-3745. : http://dx.doi.org/10.4049/jimmunol.1601838
  • Morgenstern M, Stiller S, Lubbert P, Peikert C, Dannenmaier S, Drepper F, Weill U, Hoss P, Feuerstein R, Gebert M, Bohnert M, van der Laan M, Schuldiner M, Schutze C, Oeljeklaus S, Pfanner N, Wiedemann N, Warscheid B: Definition of a High-Confidence Mitochondrial Proteome at Quantitative Scale. Cell Rep, 2017; 19 (13): 2836-2852. : http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2017.06.014
  • Naumenko N, Morgenstern M, Rucktaschel R, Warscheid B, Rehling P: INA complex liaises the F1Fo-ATP synthase membrane motor modules. Nat Commun, 2017; 8 (1): 1237-1237. : http://dx.doi.org/10.1038/s41467-017-01437-z
  • Niemann M, Harsman A, Mani J, Peikert CD, Oeljeklaus S, Warscheid B, Wagner R, Schneider A: tRNAs and proteins use the same import channel for translocation across the mitochondrial outer membrane of trypanosomes. P Natl Acad Sci Usa, 2017; 114 (37): E7679-E7687. : http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1711430114
  • Peikert CD, Mani J, Morgenstern M, Kaser S, Knapp B, Wenger C, Harsman A, Oeljeklaus S, Schneider A, Warscheid B: Charting organellar importomes by quantitative mass spectrometry. Nat Commun, 2017; 8: 15272-15272. : http://dx.doi.org/10.1038/ncomms15272
  • Rampelt H, Bohnert M, Zerbes RM, Horvath SE, Warscheid B, Pfanner N, van der Laan M: Mic10, a Core Subunit of the Mitochondrial Contact Site and Cristae Organizing System, Interacts with the Dimeric F1Fo-ATP Synthase. J Mol Biol, 2017; 429 (8): 1162-1170. : http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2017.03.006
  • Reimann L, Wiese H, Leber Y, Schwable AN, Fricke AL, Rohland A, Knapp B, Peikert CD, Drepper F, van der Ven PF, Radziwill G, Furst DO, Warscheid B: Myofibrillar Z-discs Are a Protein Phosphorylation Hot Spot with Protein Kinase C (PKCalpha) Modulating Protein Dynamics. Mol Cell Proteomics, 2017; 16 (3): 346-367. : http://dx.doi.org/10.1074/mcp.M116.065425
  • Ruf S, Heberle AM, Langelaar-Makkinje M, Gelino S, Wilkinson D, Gerbeth C, Schwarz JJ, Holzwarth B, Warscheid B, Meisinger C, van Vugt MA, Baumeister R, Hansen M, Thedieck K: PLK1 (polo like kinase 1) inhibits MTOR complex 1 and promotes autophagy. Autophagy, 2017; 13 (3): 486-505. : http://dx.doi.org/10.1080/15548627.2016.1263781
  • Schummer A, Fischer S, Oeljeklaus S, Warscheid B: Study of Peroxisomal Protein Phosphorylation by Functional Proteomics. Methods Mol Biol, 2017; 1595: 267-289. : http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-6937-1_26
  • Wenger C, Oeljeklaus S, Warscheid B, Schneider A, Harsman A: A trypanosomal orthologue of an intermembrane space chaperone has a non-canonical function in biogenesis of the single mitochondrial inner membrane protein translocase. Plos Pathog, 2017; 13 (8): e1006550-e1006550. : http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1006550
  • Wroblewska JP, Cruz-Zaragoza LD, Wei Y, Schummer A, Chuartzman SG, de Boer R, Oeljeklaus S, Schuldiner M, Zalckvar E, Warscheid B, Erdmann R, van der Klei IJ: Saccharomyces cerevisiae cells lacking Pex3 contain membrane vesicles that harbor a subset of peroxisomal membrane proteins. Biochim Biophys Acta, 2017. : http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamcr.2017.05.021

Besondere wissenschaftliche Aktivitäten

Wissenschaftliche Beratung / Gutachtertätigkeiten:
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Reviewer for Funding Agencies: , Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), European Research Council (ERC), Research Foundation - Flanders (FWO), Agence Nationale De La Recherche (ANR), seit 2012.
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Ad hoc Reviewer for Journals: , Molecular & Cellular Proteomics, Journal of Proteome Research, Journal of Proteomics, Proteomics, Analytical Chemistry, FEBS Journal, BBA - Proteins and Proteomics, Proteome Science, Cancer Research, Journal of Mass Spectrometry, Electrophoresis etc., seit 2012.
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Principal Investigator and Member of the Steering Committee of the Excellence Cluster BIOSS Centre for Biological Signalling Studies, University of Freiburg, 2013 bis 2017.
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Principal Investigator of the Spemann Graduate School of Biology and Medicine (SGBM, DFG-GS 4) of the Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder, University of Freiburg, 2013 bis 2017.
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Mentor within the EIRA mentoring program for female scientists qualifying for professorship position, Medical Faculty, University of Freiburg , seit 2013.
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Editorial advisory board member of the ‘Journal of Proteome Research’ , seit 2013.
Gremien:
  • Prof. Dr. B. Warscheid: Member of the PhD committee, Faculty of Biology, University of Freiburg , seit 2013.

Abschlussarbeiten